El Fiscal General Penal Militar y Policial tiene la representación de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y además de las funciones especiales otorgadas por el Código Penal Militar, ejercerá las siguientes:
Asumir las investigaciones y formular las acusaciones que dispone el Código Penal Militar y aquellas que en razón de su naturaleza, importancia o gravedad, lo ameriten.
Coordinar dentro del ámbito de su competencia con la Dirección Ejecutiva de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, la creación de unidades especializadas cuando la necesidad del servicio lo exija o la gravedad o complejidad del asunto lo requiera y asignar a ellas fiscales especiales.
Dirigir, coordinar y controlar el desarrollo de la función investigativa y acusatoria contra los presuntos infractores de la ley penal de conformidad con el ámbito de su competencia, directamente o a través de sus delegados, para lo cual deberá tener en cuenta la especificidad dentro de lo militar o policial del miembro de la Fuerza Pública investigado.
Coordinar con otros organismos que ejerzan funciones de policía judicial, la definición e implementación de mecanismos que racionalicen y eviten la duplicidad de esfuerzos en el desarrollo de las investigaciones.
Hacer parte del Consejo Nacional de Policía Judicial, función que podrá delegar en el Coordinador Nacional del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Hacer parte del Consejo Superior de Política Criminal y Penitenciaria.
Crear comisiones especiales de fiscales delegados de conformidad con las atribuciones de estos, designando un coordinador, cuando la gravedad, importancia o trascendencia pública del hecho lo ameriten, para lo cual podrá desplazar del conocimiento al Fiscal Penal Militar y Policial Delegado. En este evento el fiscal coordinador de la comisión será quien actúe ante el Juez Penal Militar y Policial de Control de Garantías y ante el Juez Penal Militar y Policial de Conocimiento.
Elaborar el manual de funciones de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial, para su respectivo trámite de adopción ante la Dirección Ejecutiva de la Unidad Administrativa Especial.
Proponer a la Dirección Ejecutiva de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, la reglamentación de los Centros de Servicios Judiciales, dentro del ámbito de su competencia.
Expedir los reglamentos, órdenes, circulares y manuales de procedimiento y de normas técnicas conducentes al eficaz desempeño de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial, en materias de su competencia.
Presentar al Director Ejecutivo de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, las necesidades y requerimientos de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Ser el vocero de la Fiscalía General Penal Militar y Policial ante los estamentos del Estado y la sociedad.
Diseñar y coordinar con el Director Ejecutivo de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, la implementación de un sistema de gestión y control de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Proponer a la Dirección Ejecutiva de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, estímulos para los servidores de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Coordinar con el Director Ejecutivo de la Unidad Administrativa Especial de la Justicia Penal Militar y Policial, el apoyo logístico requerido para el funcionamiento de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial.
Adelantar las gestiones para lograr cooperación internacional en materia de investigación criminal con sus pares.
Las demás funciones que le señale la ley o los reglamentos.