Las universidades estatales en ejercicio de las funciones que le son propias, según su autonomía, implementarán un sistema de administración de los recursos provenientes del Fondo Nacional de las Universidades Estatales, respecto de los cuales la Contraloría General de la República ejercerá el correspondiente control fiscal. El Ministerio de Educación Nacional, a través del Fondo Nacional de las Universidades Estatales, deberá trasladar los recursos de la estampilla a las cuentas de las universidades estatales semestralmente de acuerdo con la distribución definida en el artículo 3° de la presente ley y la resolución expedida por el Ministerio de Educación Nacional para tal efecto. El incumplimiento de esta obligación generará las responsabilidades disciplinarias, fiscales y penales correspondientes.
Las universidades estatales presentarán informes anuales, avalados por sus Consejos Superiores, al Congreso de la República, al Ministerio de Educación Nacional y Ministerio de Hacienda y Crédito Público con la especificación de los recursos recibidos a través del Fondo y el detalle de la ejecución de los mismos.