El Director del Centro Experimental Piloto es el ordenador del gasto de los recursos de funcionamiento, inversión, compra y venta de servicios, cooperación técnica y otros que le sean transferidos para la ejecución de programas encomendados a la entidad.
Los recursos de los Centros Experimentales Piloto administrados a través de los Fondos Educativos Regionales, serán transferidos a la Pagaduría del Centro Experimental Piloto, donde serán manejados de acuerdo con las normas fiscales vigentes.