Las funciones de dirección y administración del Fondo Ambiental de la Amazonia estarán a cargo del Ministro del Medio Ambiente, quien podrá delegarlas en el Viceministro. El Consejo de Gabinete y los directores de CORPOAMAZONIA, CDA y el Director del Instituto “SINCHI”, conformarán un consejo decisorio en materia de dirección y administración del Fondo, en él se tomarán las decisiones pertinentes, conforme al estatuto reglamentario que al efecto expida el Gobierno Nacional.
El Ministro del Medio Ambiente será el representante legal del FAMAZONICO y el ordenador del gasto.