REPÚBLICA DE COLOMBIA RAMA JUDICIAL TRIBUNAL ADMINISTRATIVO DE CASANARE Yopal – Casanare, veintiuno (21) de mayo de dos mil veintiséis (2026) Referencia: 85001-3333-001-2018-00410-01 Medio de control: REPARACIÓN DIRECTA Parte Demandante: LEONILDE NUÑEZ Y OTROS Parte Demandada:: NACIÓN – MINISTERIO DE DEFENSA – EJÉRCITO NACIONAL Temas: ACCIÓN DE REPARACIÓN DIRECTA / CADUCIDAD DEL MEDIO DE CONTROL DE REPARACIÓN DIRECTA / DAÑO DERIVADO DE GRAVES VIOLACIONES A LOS DERECHOS HUMANOS / VÍCTIMA DE DESAPARICIÓN FORZADA Subtemas: Desaparición Forzada – Caducidad del medio de control – Interpretación de la norma – aplicación de la Ley Magistrado Ponente: LEONARDO GALEANO GUEVARA I. OBJETO 1.1.
Procede el Tribunal a resolver el recurso de apelación interpuesto por los extremos demandante y demandado contra la sentencia proferida por el Juzgado Tercero Administrativo del Circuito de Yopal el 5 de febrero de 2026, por la que se declaró la responsabilidad patrimonial de la parte pasiva y se accedió parcialmente a las pretensiones de la demanda.
II. LA DEMANDA Y SUS PRETENSIONES 2.1. A través de apoderado judicial, los señores LEONILDE NUÑEZ, BRISA BERNAL PRESIADO, OSCAR YESID HERNANDEZ SALAMANCA, YEISON JAVIER HERNANDEZ BERNAL, FABIO HERNANDEZ NUÑEZ, GONZALO HERNANDEZ NUÑEZ, ADOLFO HERNANDEZ NUÑEZ, CARMENZA HERNANDEZ NUÑEZ, ROSALBA HERNANDEZ, MERCEDES HERNANDEZ NUÑEZ (Q.E.P.D.) REPRESENTADA POR SUS HEREDEROS (LUZ ESMILDA GONZÁLEZ HERNÁNDEZ, LEILA BIVIANA GONZÁLEZ HERNÁNDEZ, DEICY YASMID GONZÁLEZ HERNÁNDEZ, NANSY CLARED GONZÁLEZHERNÁNDEZ Y MARÍA MERCEDES GONZÁLEZ HERNÁNDEZ), presentaron demanda, en ejercicio del medio de control de reparación directa, en contra de la NACIÓN – MINISTERIO DE DEFENSA – EJÉRCITO NACIONAL, con ocasión a los perjuicios materiales e inmateriales presuntamente sufridos según se indica en el escrito de demanda, derivados de la desaparición forzada del señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) por parte de grupos armados al margen de la Ley, en hechos ocurridos el 4 de febrero de 2003. 2.2.
En síntesis, los hechos relevantes de la demanda se resumen de la siguiente manera: Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia 2.3. En el periodo comprendido entre 2001 a 2004, el departamento de Casanare fue un campo de batalla, en el cual se recrudeció la guerra entre las ACC, de Germán Darío Buitrago, alias “Martin Llanos”, contra el emergente Bloque Centauros, al mando de Miguel Arroyave. 2.4.
Esta guerra entre grupos subversivos o al margen de la ley, por el acaparamiento de terrenos causó varios ataques indiscriminados hacia la población civil. 2.5. De este conflicto fueron víctimas los habitantes de los municipios de Chámeza y Recetor. A inicios del año 2003, un grupo de varios paramilitares asesinaron y desaparecieron aproximadamente a unas 60 personas de estos municipios. 2.6.
En este contexto, se presentó la desaparición del señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.), el 4 de febrero de 2003, cuando recibió una carta en la que le indicaron que debía dirigirse a la vereda “El Vegón”. Luego de presentarse en dicho lugar, no volvió a aparecer. 2.8. Para la época en que Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) desapareció, había finalizado un contrato con la alcaldía de Recetor y había arrendado la finca “Alto Redondo” para trabajarla, cuyo propietario era el señor César Alba. 2.9.
Si bien estas actuaciones fueron realizadas por grupos ilegales, hubo connivencia por parte de miembros del Ejército Nacional, tropas del Batallón número 44 “RAMÓN NONATO PEREZ”, Batallón Contraguerrilla número 25, la Brigada XVI, y también hubo participación de los batallones contraguerrillas 23 y 29. 2.10. Al Juzgado 56 Penal del Circuito Programa OIT de Bogotá, se remitió la investigación con número de radicado 1100131040562014-00173 por las conductas punibles DESAPARICIÓN FORZADA AGRAVADA, HOMICIDIO EN PERSONA PROTEGIDA y OTROS, víctimas GEINER ANTONIO MUNIVE RODRÍGUEZ y NAIRO OMERO CHAPARRO, por hechos iguales a los de la desaparición forzada de Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.), acaecidos a finales del año 2002 e inicios del año 2003 entre las poblaciones de Chámeza y Recetor. 2.11.
La anterior autoridad judicial profirió sentencia el 11 de febrero de 2016, declarando como crímenes de lesa humanidad, los delitos de desaparición forzada ocurridos en Chámeza y Recetor, siendo confirmada el 12 de octubre de ese año por parte de la Sala Penal del Tribunal Superior del Distrito Judicial de Bogotá. 2.12. En el Juzgado Penal del Circuito Especializado Adjunto de Yopal se adelantaba el Proceso Penal radicado bajo el número (2012-0098), por los punibles de Desaparición Forzada, Desplazamiento Forzado, Homicidio en Persona Protegida, Concierto para Delinquir agravado y tortura agravada, expediente que se encontraba al Despacho para sentencia. III.
OPOSICIÓN DEL EXTREMO DEMANDADO 3.1. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional 3.1.1. El apoderado del Ejército Nacional propuso, como excepción previa, la caducidad del medio de control, en atención a que la desaparición de Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) había ocurrido el 4 de febrero de 2003, Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia por parte de grupos paramilitares, siendo que desde ese momento y hasta el 4 de febrero de 2005 podían haber ejercido los demandantes su derecho de acción. 3.1.2.
Además, los accionantes habían manifestado que los hechos constituían crimen de lesa humanidad, con la finalidad de evadir el término prescriptivo; sin embargo, no se demostró que el homicidio fue producto o consecuencia de la acción u omisión de un agente estatal, o directamente del Estado, para que pudiera considerarse que en esta causa no le eran aplicables las reglas procesales. 3.1.3.
También excepcionó la falta de legitimación en la causa por pasiva, en tanto el Ejército Nacional no tenía posición de garante frente a los demandantes, ya que no tenía obligaciones específicas y especiales frente a la situación de inseguridad; en este orden de ideas, la demandada no era el sujeto procesal que legal y constitucionalmente debía responder por los desafortunados hechos y por los perjuicios incoados. 3.1.4.
Alegó en su defensa que, no se había acreditado por ningún medio de convicción que la víctima hubiera solicitado al Ejército Nacional protección para sí y sus parientes, poniendo en conocimiento de la institución castrense el estado de indefensión o posibles amenazas en contra de su vida, como para predicar que la obligación general de brindar seguridad a todos los habitantes se objetivó en persona suya. 3.1.5.
Debía tenerse presente el carácter relativo de la obligación de seguridad a cargo de la Nación - Ministerio de Defensa - Ejército Nacional, delineado por la jurisprudencia del órgano de cierre de esta jurisdicción, pues a la entidad no podía exigírsele lo imposible, pues no podía esperarse de ella un obrar omnipotente, omnipresente, de cara al desconocimiento respecto de la existencia o no de amenazas concretas y/o riesgo inminente sobre la vida de la víctima, por lo que no le era endilgable la responsabilidad a título de falla en el servicio.
IV. EL FALLO APELADO 4.1. El día 5 de febrero de 2026, el Juzgado Tercero Administrativo del Circuito de Yopal dictó sentencia de primer grado en los siguientes términos: “PRIMERO: DECLARESE no probada la excepción de FALTA DE LEGITIMACION EN LA CAUSA POR PASIVA propuesta por LA NACION - MINISTERIO DE DEFENSA -EJERCITO NACIONAL.
SEGUNDO: DECLARAR que LA NACIÓN-MINISTERIO DE DEFENSA- EJERCITO NACIONAL, es administrativa y patrimonialmente responsable de los perjuicios ocasionados a los demandantes, por la muerte del señor FLAMINIO HERNÁNDEZ NÚÑEZ, de conformidad con lo expuesto en la parte motiva de la presente providencia.
TERCERO: Como consecuencia de la anterior declaración, condenar a LA NACION-MINISTERIO DE DEFENSA-EJERCITO NACIONAL, a: 3.1. Pagar en favor de las personas que a continuación se relacionan, las siguientes sumas de dinero: Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia 3.2.
Brindar a los demandantes las medidas encaminadas a procurar su readaptación, integración social y superación individual, consistente en tratamientos siquiátricos, sicológicos y terapéuticos relacionados necesarios para superar los hechos relacionados con la muerte en las circunstancias demostradas en el proceso del señor FLAMINIO HERNÁNDEZ NÚÑEZ, como se indica en la parte motiva de esta providencia. 3.3.
Satisfacer a los demandantes: i) Mediante la celebración de una ceremonia pública en el municipio de Recetor Casanare, con la concurrencia de los altos mandos militares, las víctimas y los vecinos del lugar, dentro de un término no superior a tres meses calendario, contados a partir de la ejecutoria de la presente decisión, en presencia de los medios de comunicación del departamento de Casanare, donde se tribute un homenaje a la vida del señor FLAMINIO HERNÁNDEZ NÚÑEZ, ofreciendo disculpas públicas a los ofendidos y a la sociedad en general por la muerte de la antes nombrada, repudiando clara y categóricamente lo acontecido el 4 de febrero de 2003 en el Municipio de Recetor y con el compromiso contundente de tomar los correctivos para que lo acontecido no vuelva a suceder; ii) Levantando un monumento en el centro del municipio de Recetor, en homenaje a las víctimas de la complicidad que existió entre los años 2002 y 2003 entre las Autodefensas Campesinas del Casanare y personal del Ejercito Nacional, mencionando expresamente a FLAMINIO HERNÁNDEZ NÚÑEZ, y donde quede consignadas las disculpas ofrecidas por el Ejército Nacional por tales hechos, y su compromiso de no repetición de dichos actos; iii) Publicando la presente sentencia, en un lugar visible, en el Batallón de Infantería No. 44 “Rafael Nonato Pérez” de Tauramena-Casanare, y en la Brigada XVI del Ejercito Nacional por el término de seis (6) meses, y en las oficinas de la Alcaldía de Recetor -Casanare, de tal forma que toda persona que visite dichas instalaciones, tenga la posibilidad de acceder al contenido de la misma.
Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia CUARTO: Por secretaría enviar copia de la presente decisión a la Justicia Especial para la Paz -JEP, al Centro de Memoria Histórica, teniendo en cuenta que se trata de una masacre donde hubo vulneración sistemática de Derechos Humanos con ocasión al conflicto armado.
QUINTO: NEGAR las demás súplicas de la demanda.
SEXTO: Las sumas que resulten de liquidar esta sentencia serán actualizadas en los términos señalados en el artículo 187 del CPACA conforme a lo dicho en la parte motiva de esta providencia, aplicando la fórmula citada.
SÉPTIMO: La sentencia se cumplirá en los términos del artículo 192 y concordantes del CPACA y devengará intereses moratorios conforme al inciso 3º de esta disposición. Para lo anterior, se dispone a remitir las comunicaciones correspondientes, de conformidad con lo previsto en los incisos finales de los artículos 192 y 203 de la Ley 1437 de 2011.
OCTAVO: Sin condena en costas”. 4.2. Como fundamento de su decisión, el a quo expuso lo siguiente: 4.3. El caso se encontraba delimitado en el marco de la desaparición, tortura y muerte de 55 personas, habitantes de los municipios de Chámeza y Recetor, en los meses de diciembre de 2002 a marzo de 2003, por parte de grupos al margen de la Ley, denominados Autodefensas Campesinas del Casanare, con anuencia y participación de agentes estatales. 4.4.
Respecto de la caducidad del medio de control, destacó que el término del artículo 164 del CPACA se debía leer en consonancia con la sentencia de unificación de 29 de enero de 2020 del Consejo de Estado, al igual que la SU-168 de 2023 de la Corte Constitucional. 4.5. Además, también era de tenerse en cuenta la Sentencia T-202 de 2025 de la Corte Constitucional, que fijó unos criterios para el análisis de la caducidad en estos casos. 4.6.
Expuso que, Brisa Bernal Presiado, esposa de la víctima, sostuvo que la desaparición ocurrió cuando Flaminio atendió a una citación de los paramilitares de la cual nunca regresó, señaló que la comunidad de Recetor fue estigmatizada como miembros de las guerrillas y por ello desaparecieron a muchos habitantes del municipio; señaló igualmente que la comunidad desconfiaba de los miembros del Ejército Nacional en la medida de que los habitantes del municipio fueron testigos de la relación de confianza entre los miembros de las fuerzas militares y los miembros del grupo paramilitar, pues veían como se reunían en las tiendas, y los paramilitares iban a los campamentos del ejército.
Informó que los restos fueron entregados en el año 2011, y se encuentran en el cementerio de Recetor. 4.7. Si bien la señora Brisa Bernal Presiado refirió en su declaración la existencia de un conocimiento comunitario y públicamente difundido sobre presuntas relaciones de confianza entre miembros del Ejército Nacional y el grupo paramilitar que operaba en la zona, dicho relato no permitía concluir que los demandantes hubiesen adquirido certeza sobre la responsabilidad estatal en la desaparición y posterior muerte del señor Flaminio Hernández Núñez. 4.8.
Conforme a los estándares fijados por la Corte Constitucional en la Sentencia T-202 de 2025, la noción de certeza exigía la existencia de elementos objetivos y verificables que permitieran atribuir la conducta Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia dañosa al Estado con un nivel de convicción suficiente para activar el deber jurídico de ejercer la acción dentro del término. Por tanto, se aplicaría un enfoque flexible para determinar si era aplicable este fenómeno extintivo de la acción. 4.9.
Siguiendo dichos parámetros, el punto de referencia era el proceso penal y su sentencia definitiva para efectos de determinar el momento a partir del cual los demandantes pudieron adquirir certeza sobre la eventual responsabilidad estatal. No se tendría como fecha determinante la aparición o entrega de los restos mortales del señor Flaminio Hernández Núñez, pues era únicamente a través del esclarecimiento penal —y no de la recuperación de los restos— que se podía obtener un conocimiento cierto, verificable y jurídicamente relevante sobre la participación o aquiescencia de agentes estatales en el hecho dañino 4.10.
Para la emisión de la demanda, se encontraba en curso el proceso judicial la declaratoria de responsabilidad penal de los coautores de dicha desaparición, esto es de Juan Carlos Castañeda Villamizar y Flaminio Cocinero Costo, ellos sí agentes estatales vinculados con los hechos, frente a los cuales, el Juzgado Único Penal del Circuito Especializado, profirió sentencia condenatoria el 13 de julio de 2021 (posterior a la presentación de la demanda).
Por lo anterior, se determinaba que dichos coautores eran los agentes estatales que incidieron en la ocurrencia del hecho dañino; hecho que adicionalmente les permitía a los demandantes conocer sobre la posible responsabilidad del Estado y, por lo tanto, a partir de la fecha de la sentencia 13 de julio de 2021, se daría inicio al conteo de la caducidad. 4.11.
En cuanto al análisis de los hechos, destacó que el material probatorio se examinaría con un criterio de flexibilización, en cuanto a privilegiar las pruebas indiciarias e indirectas, dada la naturaleza del crimen analizado. 4.12. Sobre el daño, encontró acreditado, a través de los expedientes penales, que el señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) había sufrido una desaparición a manos de miembros de las Autodefensas de Casanare; además, el 11 de mayo de 2010 se había inscrito la sentencia de muerte presunta en el registro civil correspondiente. 4.13.
Según se advirtió en la audiencia pública de 24 de octubre de 2017, llevada a cabo en el Juzgado Único Penal del Circuito Especializado, el señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) fue retenido el 4 de febrero de 2003 en la vereda el Vegón del Municipio de Recetor. 4.14. Luego de hacer una reseña a partir de jurisprudencia del Consejo de Estado y decisiones de la Jurisdicción Especial para la Paz – JEP sobre el contexto de violencia en el departamento de Casanare, concluyó que los municipios limítrofes entre Casanare y Boyacá fueron objetivo militar, tanto de los grupos guerrilleros como de los grupos paramilitares denominados Autodefensas Campesinas del Casanare “ACC”, al mando de Héctor Germán Buitrago Parada, alias “Martin Llanos” y Eduardo Linares Vargas, alias “HK”, y que ellos, entre los años 2001 a 2004, con la caída de las ACC en manos del Bloque Centauros, tomaron fuerza militar en el sector. 4.15.
Tomó en consideración los testimonios rendidos por María Mercedes González Hernández, Brisa Bernal Presiado, Alba Patricia Mesa, Martha Yaneth Alfonso Chacón y Diego Alberto Peña Cruz. 4.16. Hizo referencia a los limitados consejos de seguridad adelantados para la época de los hechos y las operaciones militares ejecutadas, resaltando Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia que el Puesto de Mando Unificado en el municipio de Chámeza contaba con un efectivo de 308 hombres y que, sin embargo, las desapariciones forzadas por parte de las ACC se dieron sin mayores consecuencias, lo que era indicio de una deficiente actividad militar en la zona. 4.17.
Las víctimas de asesinatos y desapariciones eran citadas por los paramilitares en la escuela de la vereda el Vegón, pero el Ejército solo actuó tras cuatro meses de los hechos, denotándose una inacción injustificada, pues se permitió que estos grupos cometieran hechos atroces sobre la población, claramente sobre la víctima en este particular. 4.18.
Así las cosas, en el caso de las poblaciones de Chámeza y Recetor, al conocerse de la presencia de grupos paramilitares, los deberes de prevención y protección a cargo del Estado debían acrecentarse; sin embargo, se desprotegió a esta población, con el agravante de que la omisión se realizó por convenio del comandante del batallón a cargo con el mismo grupo criminal al cual debía combatir, quien además entregó listados con nombres de las personas a asesinar. 4.19.
Finalmente, reconoció perjuicios materiales, morales e inmateriales, atendiendo a los elementos de juicio probados al interior del expediente. V. LOS RECURSOS DE APELACIÓN 5.1. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional 5.1.1. En primer lugar, el apoderado reiteró, como cargo de la apelación, la caducidad del medio de control, haciendo referencia a la Sentencia de Unificación de 29 de enero de 2020 del Consejo de Estado (radicado 61033). 5.1.2.
La decisión judicial había concluido que la incursión de las Autodefensas Campesinas del Casanare en los municipios de Chámeza y Recetor fue facilitado con la avenencia de algunos miembros de la fuerza pública. 5.1.3. El apoderado sostuvo que, según el literal i) del artículo 164 del CPACA, el plazo para demandar en casos de desaparición forzada debía iniciar desde que apareciese la víctima o, en su defecto, desde la ejecutoria del fallo penal definitivo. 5.1.4.
Precisó que, en el caso concreto, los restos del señor Hernández Núñez fueron exhumados en 2009, identificados genéticamente en 2010 y entregados formalmente a sus familiares el 6 de febrero de 2011. Por lo tanto, argumentó que el bienio legal para accionar venció en febrero de 2013, haciendo que la demanda presentada en 2018 resultara extemporánea. 5.1.5.
De manera subsidiaria, analizó la caducidad bajo la óptica de los delitos de lesa humanidad, citando jurisprudencia unificada del Consejo de Estado que establece que el conteo inicia cuando los afectados conocieron o debieron conocer la participación del Estado. 5.1.6. Al respecto, detalló que los familiares tuvieron conocimiento de la presunta colaboración militar con los paramilitares mucho antes de 2021, específicamente a través de las declaraciones de desmovilizados como Nelson Florentino Vargas Buitrago y Nelson Manyiber Parra en los años 2010 y 2011, así como por la resolución de acusación proferida en febrero Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia de 2012 contra el entonces comandante del Batallón No. 44, Juan Carlos Castañeda Villamizar. 5.1.7.
El defensor alegó que estos hitos procesales permitían a los demandantes inferir la responsabilidad estatal desde hace más de una década, por lo cual la acción ya se encontraba extinguida al momento de radicarse la demanda. 5.1.8. De otro lado, alegó la ausencia probatoria para demostrar la presunta falla en el servicio, pues la tesis del a quo, referente a que hubo connivencia del Ejército Nacional con las ACC para permitir sus desafortunadas incursiones en contra de la población civil era insostenible, en tanto, justamente, el Ejército era la única Fuerza que había enfrentado a estos grupos al margen de la Ley. 5.1.9.
En los hechos ocurridos en noviembre de 2002 a marzo de 2003 en los municipios de Chámeza y Recetor, se destacaba la presencia nutrida de grupos guerrilleros. En ese sentido, el Ejército acantonado en Casanare lanzaba constantes operaciones en contra del ELN y las FARC para mitigar su actuar delictivo, en especial la extorsión y afectación a la infraestructura estatal. 5.1.10.
El registro operacional de los años 2000 al 2003 del Batallón de Infantería No. 44 era claro sobre las constantes y permanentes órdenes de control territorial y operaciones militares en contra los paramilitares del Casanare y demás grupos ilegales. 5.1.11. La infortunada incursión paramilitar en noviembre de 2002 en Chámeza y Recetor no fue denunciada sino hasta febrero y marzo del 2003 cuando ya se habían consumado los punibles en contra de las víctimas.
Este desconocimiento se constataba con las versiones en los procesos penales. 5.1.12. De manera subsidiaria, en caso de confirmarse la responsabilidad estatal, solicitó la modificación de las siguientes condenas: 5.1.13. Perjuicio moral: - Pidió limitar las sumas únicamente a los topes de las sentencias de unificación, es decir, a 100 SMLMV para víctimas en primer grado y 50 SMLMV para aquellas en segundo grado, por cuanto no se demostró un mayor grado de aflicción. 5.1.14.
Revocatoria del daño moral de Mercedes Hernández Núñez (q.e.p.d.): - Según el recurrente, el sufrimiento padecido por la hermana de la víctima no era transmisible por herencia porque no se trataría de un derecho patrimonial que estaba como activo del causante, sino del derecho de acción que no fue ejercido en vida. Es decir, que la expectativa de un derecho nunca se transformó en un patrimonio cierto y real que hace parte de la masa sucesoral. 5.1.15.
Daño a derechos convencionalmente protegidos: - La defensa manifestó su inconformidad con la indemnización de $175.090.500 otorgada a cada uno de los hijos de la víctima por concepto de daño a los derechos convencionalmente protegidos. Argumentó que este perjuicio busca exaltar la dignidad de las víctimas y que, siguiendo los lineamientos del Consejo de Estado, se deben Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia privilegiar las medidas de reparación simbólica sobre las económicas.
Sostuvo que el reconocimiento pecuniario para este tipo de daño es excepcional y está dirigido exclusivamente a la víctima directa de los vejámenes. - En consecuencia, alegó lo siguiente: o Los hijos carecían de legitimación para reclamar individualmente estos derechos económicos. o No se probó ni se pudo deducir una afectación real en los derechos subjetivos de los demandantes que justificara dicha condena. o Las medidas simbólicas resultaban suficientes y apropiadas para restablecer la dignidad y garantizar la no repetición. 5.1.16.
Medidas para rehabilitación, integración social y superación individual. - Solicitó negar estas medidas, puesto que no se había demostrado que los demandantes estuvieran en algún tipo de tratamiento o tuvieran algún tipo de discapacidad. 5.1.17. Medidas de satisfacción y no repetición. - En cuanto a la celebración de una ceremonia pública en el municipio de Recetor, al levantamiento de un monumento en el centro del municipio y a la publicación de la sentencia, solicitó su revocatoria, por cuanto el hecho no había sido producto de una ejecución extrajudicial o a manos de agentes del Estado.
Los confesos autores materiales e intelectuales eran miembros del grupo ilegal de las ACC. - Adicionalmente, el monumento conmemorativo en el centro del municipio de Recetor requería autorizaciones ajenas al Ministerio de Defensa. - También solicitó que se delegara la ceremonia en el Comandante de la Brigada 16, en atención a que era imposible que esto se adelantara por parte del ministro de defensa, en razón a sus múltiples compromisos nacionales e internacionales. 5.2.
Parte Demandante 5.2.1. En primer lugar, el recurrente realizó una disertación sobre la inaplicación del término de caducidad en casos de graves violaciones a derechos humanos o de lesa humanidad, destacando las sentencias: - Sentencia SU-168 de 2022 - Sentencia SU-167 de 2023 - Sentencia SU-168 de 2023 - Sentencia T-202/2025 5.2.2.
Luego de extractar varios apartes de estas decisiones judiciales, el recurrente afirmó que la desaparición forzada de Flaminio Hernández Núñez se enmarcó en el accionar sistemático de las Autodefensas Campesinas del Casanare con la aquiescencia del Ejército Nacional en los municipios de Chámeza y Recetor. 5.2.3. Aunque los restos de la víctima fueron exhumados en 2009 y entregados en 2011, este hecho no supuso el conocimiento de la responsabilidad estatal, pues en ese momento solo existía una imputación fáctica contra los paramilitares.
La imputación jurídica que permitió atribuir responsabilidad patrimonial al Estado solo se consolidó con las sentencias Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia penales de primera y segunda instancia proferidas en el año 2021 contra Juan Carlos Castañeda y Flaminio Cocinero. 5.2.4.
En consecuencia, no resultaba procedente aplicar la caducidad del medio de control, ya que, tratándose de crímenes de lesa humanidad de naturaleza continuada, el cómputo de los plazos procesales se suspende hasta la ejecutoria del proceso penal o hasta que se conozca con certeza el paradero de la víctima. 5.2.5. Ratificando entonces que no se aplicaba la caducidad del medio de control, solicitó la modificación de los montos a reconocer por perjuicios, así: - Perjuicios extrapatrimoniales: Solicitó condena en proporción al sufrimiento padecido por el grupo familiar, aplicando el derecho a la igualdad y en atención de la Sentencia de Unificación del Consejo de Estado, de 28 de agosto de 2014, que recopiló la línea jurisprudencial y estableció criterios unificados para la reparación de los perjuicios inmateriales, indicando que por concepto de perjuicios morales por graves violaciones a los derechos humanos, podrá otorgarse una indemnización hasta de trescientos (300) SMLMV, es decir, dicha suma por cada una de las víctimas directas. - Daño emergente: Pidió condena in genere a la demandada, en razón a que, frente al daño emergente, si bien era cierto, y como así se plasmó en la demanda de reparación directa, no se recaudaron elementos materiales probatorios tendientes a sustentar dicha petición, también era cierto que dentro de las actuaciones procesales se demostró el daño y su intensidad, por lo que el juez estaba llamado a la cuantificación de la intensidad del perjuicio con miras a salvaguardar los derechos de las víctimas, en equidad. - Incremento del lucro cesante: En este punto, el apoderado solicitó la aplicación de las fórmulas jurisprudenciales respectivas, conforme al material probatorio obrante dentro del plenario, el cual acreditó la colaboración económica para con su familia, en atención a que por causa de la retención ilegal, tortura en persona protegida, tratos crueles, inhumanos y degradantes, la desaparición forzada y la grave violación de los derechos humanos y delitos de lesa humanidad en hechos ocurridos antes, durante y después del 4 de febrero de 2003, el señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) no pudo seguir contribuyendo económicamente con su propio sostenimiento y el de su familia. - Alteración a las condiciones de existencia: En este caso se acreditó la vulneración de los derechos a la vida, a no ser objeto de torturas, tratos crueles, inhumanos o degradantes bajo ninguna circunstancia; a la libertad de circulación y de residencia de los demandantes y desplazamiento forzado; violación de los derechos de los niños (sujetos de prioridad en la protección constitucional y convencional).
Por todo lo anterior, surgía para las víctimas el derecho de reparación integral con ocasión a que el daño sufrido devenía en una modificación anormal de las condiciones de vida de la víctima y su grupo familiar. - Daño a la salud: Pidió indemnizar este perjuicio en razón a los “tratos crueles, inhumanos y degradantes, la grave violación de los derechos humanos y delitos de lesa humanidad a los que fue sometido a manos Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia de las AUTODEFENSAS CAMPESINAS DEL CASANARE con complicidad y/o anuencia de miembros del EJÉRCITO NACIONAL”. - Daño punitivo: Pese a que esta tipología de daño no era reconocida en el derecho colombiano, era procedente, en tanto se castigaba la conducta exagerada de los agresores, pues los demandantes se convertían en acusadores privados, lo que ameritaba una condena ejemplarizante. 5.2.7.
Solicitó se condenara en costas al extremo pasivo, invocando el principio de convencionalidad, a fin de que en garantía de los precedentes adoptados por la Corte Interamericana de Derechos Humanos en los que, sin excepción, se ordenaba el pago de costas del proceso, al ser de mayor jerarquía que los precedentes de unificación jurisprudencial a los que se referían los artículos 188 y 270 del CPACA. 5.2.8.
Solicitó se modificara la sentencia de primer grado, a fin de tasar la condena por perjuicios morales en salarios mínimos, ya que la forma en que se liquidaron era perjudicial para los demandantes, en cuanto devaluaba el monto reconocido con el paso del tiempo. 5.2.9. Finalmente, solicitó la corrección en una de las demandantes, que se identificó como Rosalba Hernández Núñez, siendo que, conforme a su cédula de ciudadanía, se trataba de Rosalba Hernández De Roa.
VI. TRÁMITE PROCESAL EN SEGUNDA INSTANCIA 6.1. Sometido el asunto a reparto, por acta de 12 de marzo de 2026, correspondió al Despacho del suscrito magistrado ponente. 6.2. En providencia de 19 de marzo hogaño, se admitió el recurso de apelación interpuesto por los extremos demandante y demandado. 6.3. En ejercicio del control de legalidad del artículo 207 de la Ley 1437 de 2011, la Sala no avizora ninguna causal de nulidad que pueda viciar el proceso, por lo que se declara saneado hasta esta etapa. 6.4.
Están cumplidos los presupuestos procesales, pues este Tribunal es competente para conocer del presente medio de control por la naturaleza del asunto y el factor funcional, acorde con las previsiones de los artículos 153, 155 y 156 de la Ley 1437 de 2011; no hay reparos respecto de los demás presupuestos procesales (capacidad para ser parte, capacidad para comparecer al proceso y demanda en forma).
VII. CONSIDERACIONES 7.1. Problema jurídico 7.1.1. De acuerdo con el recurso de apelación presentado por las partes, en relación con la sentencia de primera instancia, el acervo probatorio debidamente incorporado, la normatividad y jurisprudencia aplicable en materia de responsabilidad del Estado por casos de graves violaciones a los Derechos Humanos, la Sala considera que el problema jurídico a resolver en esta oportunidad consiste en establecer si debe revocarse o modificarse la sentencia dictada por el Juzgado Tercero Administrativo del Circuito de Yopal el 5 de febrero de 2026.
Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia Para el efecto, la Sala abordará las temáticas referentes a: i) la caducidad del medio de control, en atención a los lineamientos jurisprudenciales; en caso de superarse la caducidad, se analizará: ii) la falla en el servicio; y iii) los reparos frente a la indemnización de perjuicios. 7.2.
Límite del recurso de apelación 7.2.1. Por tratarse de un fallo de instancia apelado por los dos extremos procesales, el Tribunal puede resolver sin límites. 7.2.2. En todo caso, se atenderán los reparos efectuados por los apelantes, en virtud de la garantía del principio de congruencia. 7.3. La caducidad del medio de control de reparación directa en casos de graves violaciones en materia de Derechos Humanos 7.3.1.
De acuerdo con la naturaleza del presente medio de control, es pertinente acudir al inciso i) del numeral segundo del artículo 164 de la Ley 1437 de 2011, dado que fue bajo este marco jurídico que se inició el proceso de la referencia: “i) Cuando se pretenda la reparación directa, la demanda deberá presentarse dentro del término de dos (2) años, contados a partir del día siguiente al de la ocurrencia de la acción u omisión causante del daño, o de cuando el demandante tuvo o debió tener conocimiento del mismo si fue en fecha posterior y siempre que pruebe la imposibilidad de haberlo conocido en la fecha de su ocurrencia. Sin embargo, el término para formular la pretensión de reparación directa derivada del delito de desaparición forzada, se contará a partir de la fecha en que aparezca la víctima o en su defecto desde la ejecutoria del fallo definitivo adoptado en el proceso penal, sin perjuicio de que la demanda con tal pretensión pueda intentarse desde el momento en que ocurrieron los hechos que dieron lugar a la desaparición” (resaltado fuera de texto). 7.3.2.
Por su parte, la Sentencia de Unificación jurisprudencial del Consejo de Estado de 29 de enero de 20201 expuso lo siguiente, sobre las eventualidades de la caducidad en situaciones de delitos de lesa humanidad, crímenes de guerra, entre otros: “[L]as situaciones que se pretenden salvaguardar con la imprescriptibilidad penal en los casos de lesa humanidad y los crímenes de guerra también se encuentran previstas en el campo de lo contencioso administrativo, bajo la premisa del conocimiento de la participación por acción u omisión del Estado, al margen de que se trate de delitos de lesa humanidad o de crímenes de guerra.
Así las cosas, la jurisprudencia de la Sección Tercera del Consejo de Estado se unificará en relación con la caducidad de las pretensiones indemnizatorias formuladas con ocasión de los delitos de lesa humanidad, los crímenes de guerra y cualquier otro asunto en el que se pueda solicitar la declaratoria de responsabilidad patrimonial al Estado, bajo las siguientes premisas: i) en tales eventos resulta exigible el término para demandar establecido por el legislador; ii) este plazo, salvo el caso de la desaparición forzada, que tiene regulación legal expresa, se computa desde cuando los afectados conocieron o debieron conocer la participación por acción u omisión del Estado y advirtieron la posibilidad de imputarle responsabilidad patrimonial, y iii) el término pertinente no se aplica cuando se observan situaciones que hubiesen 1 Consejo de Estado.
Sala de lo Contencioso Administrativo. Sección Tercera. Sentencia e Unificación de 29 de enero de 2020 en acción de reparación directa con radicado 85001-33-33-002-2014-00144- 01(61033). C.P. Marta Nubia Velásquez Rico. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia impedido materialmente el ejercicio del derecho de acción y, una vez superadas, empezará a correr el plazo de ley.
Finalmente, se precisa que el término de caducidad para solicitar al Estado la indemnización de un daño es inaplicable en aquellos eventos en los que se adviertan circunstancias que hubiesen impedido, desde el punto de vista material, el ejercicio del derecho de acción, lo que puede ocurrir frente a los delitos de lesa humanidad, los crímenes de guerra o cualquier otro asunto en el que se pueda demandar la responsabilidad patrimonial Estado, pues para tales efectos no resulta determinante la situación causante del daño, sino la condición particular de quien acude a la administración de justicia” (resaltado fuera de texto). 7.3.3.
Así, en este caso concreto debe ponerse de presente que la fuente de responsabilidad del Estado se concreta en las omisiones del deber objetivo de protección a la población civil por parte del Ejército Nacional, permitiendo la perpetración de varios delitos de suma gravedad, particularmente el de desaparición forzada cometido en la persona de Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.). 7.3.4.
Así las cosas, es menester determinar desde qué momento inicia el conteo de la caducidad, estudiando la pauta jurisprudencial, en consonancia con la naturaleza del daño, para determinar si el recurso de apelación propuesto por el Ejército Nacional está llamado a prosperar o si, por el contrario, la posición del a quo resultó ser la adecuada. 7.3.5.
En palabras de la Corte Constitucional en la Sentencia SU-312 de 2020: “6.4. En este sentido, en materia contenciosa administrativa, en el literal i) del numeral 2° del artículo 164 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo], el Congreso de la República dispuso que el medio de reparación directa, como instrumento judicial idóneo para obtener el resarcimiento de los menoscabos imputables al Estado en los términos del artículo 90 superior, deberá ser presentado, so pena de que opere la caducidad de la pretensión indemnizatoria, “dentro del término de dos (2) años, contados a partir del día siguiente al de la ocurrencia de la acción u omisión causante del daño, o de cuando el demandante tuvo o debió tener conocimiento del mismo si fue en fecha posterior y siempre que pruebe la imposibilidad de haberlo conocido en la fecha de su ocurrencia”. 6.5.
Con todo, en la misma disposición legal, el legislador aclaró que “el término para formular la pretensión de reparación directa derivada del delito de desaparición forzada, se contará a partir de la fecha en que aparezca la víctima o en su defecto desde la ejecutoria del fallo definitivo adoptado en el proceso penal, sin perjuicio de que la demanda con tal pretensión pueda intentarse desde el momento en que ocurrieron los hechos que dieron lugar a la desaparición”. 6.6.
En torno al alcance de la norma en comento, la Sección Tercera del Consejo de Estado ha precisado que “mientras no se cuente con elementos de juicio para inferir que el Estado estuvo implicado en la acción u omisión causante del daño y que le era imputable el daño, el plazo de caducidad de la reparación directa no resulta exigible, pero si el interesado estaba en condiciones de inferir tal situación y, pese a ello no acudió a esta jurisdicción, el juez de lo contencioso administrativo debe declarar que el derecho de acción no se ejerció en tiempo, bien sea al analizar la admisión de la demanda, al resolver las excepciones en la audiencia inicial o al dictar sentencia, según el caso”. 6.7.
En esta misma línea argumentativa, el Pleno de esta Corporación ha expresado que la objetividad que caracteriza el examen de la caducidad de la Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia demanda contencioso administrativa por parte del juez competente, está justificada en “el propósito de resguardar el interés general y la seguridad jurídica”].
Empero, este Tribunal ha indicado que en virtud del principio pro damnato o favor victimae, el término de caducidad del medio de control de reparación directa “no puede aplicarse de manera inflexible o rígida, pues en ocasiones, dadas las circunstancias particulares del caso, pueden admitirse ciertas flexibilizaciones, necesarias para garantizar el acceso efectivo a la administración de justicia y la reparación integral de las víctimas”. 6.8.
En relación con este último punto, en virtud de lo dispuesto en el artículo 229 de la Constitución, la Sección Tercera del Consejo de Estado ha reiterado que “el término de caducidad de la pretensión de reparación directa no resulta exigible en los eventos en los que se afectan de manera ostensible los derechos al debido proceso y de acceso a la administración de justicia, por la configuración de circunstancias que obstaculizan materialmente el ejercicio del derecho de acción y, por ende, impiden agotar las actuaciones necesarias para la presentación de la demanda”, como ocurre cuando una persona es víctima de secuestro o padece una enfermedad que le impide materialmente acudir al aparato jurisdiccional”. 7.3.6.
La Sala debe advertir que, a juicio del apoderado recurrente, la caducidad debía empezar a contarse desde que se efectuó la entrega de restos mortales de la víctima a sus familiares, pues en curso del proceso se había demostrado que esto aconteció el 6 de febrero de 2011, por lo que se configuraba el supuesto normativo especial del artículo 164 del CPACA, en lo relativo a la desaparición forzada. 7.3.7.
Sin embargo, la tesis del a quo consistió en establecer que la caducidad debía contarse a partir del momento en que los demandantes tuvieron conocimiento de que el daño podía imputarse al Estado. Al respecto, el a quo expuso en la sentencia apelada: “En el proceso bajo estudio se encuentra documentado que los restos del señor FLAMINIO HERNANDEZ NUÑEZ, fueron encontrados en una Fosa ubicada en la Finca Tapón de la Vereda Guruvita del municipio de Chámeza (Casanare), y exhumados el día 1 de diciembre de 2009; igualmente que, fueron identificados a través de pruebas genéticas el 14 de diciembre de 2010; y, finalmente, entregados sus restos el día 6 de febrero de 2011 en el municipio de Recetor, donde fueron inhumados (pag 229 a 236 Cdo 24 exp penal 2012- 0098).
(…) En este punto advierte el Despacho que, si bien la señora Brisa Bernal Presiado refirió en su declaración la existencia de un conocimiento comunitario y públicamente difundido sobre presuntas relaciones de confianza entre miembros del Ejército Nacional y el grupo paramilitar que operaba en la zona, dicho relato no permite concluir que los demandantes hubiesen adquirido certeza sobre la responsabilidad estatal en la desaparición y posterior muerte del señor Flaminio Hernández Núñez.
En efecto, conforme a los estándares fijados por la Corte Constitucional en la Sentencia T-202 de 2025, la noción de certeza exige la existencia de elementos objetivos y verificables que permitan atribuir la conducta dañosa al Estado con un nivel de convicción suficiente para activar el deber jurídico de ejercer la acción dentro del término de caducidad.
La sola percepción social de vínculos, encuentros o comportamientos que puedan sugerir un nivel de colaboración o connivencia entre agentes estatales y actores armados ilegales no constituye, por sí misma, la acreditación de hechos que permitan afirmar de manera fundada la responsabilidad estatal. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia A lo sumo, tales afirmaciones podrían configurar una inferencia, en los términos definidos por la Corte, esto es, una deducción preliminar basada en hechos conocidos, pero carente aún de la solidez probatoria necesaria para generar en las víctimas la exigible claridad sobre la participación, tolerancia o aquiescencia de agentes del Estado en la desaparición del señor Flaminio Hernández.
La inferencia, por sí sola, no impone a los demandantes la carga jurídica de accionar dentro del término ordinario, máxime cuando se trata de hechos ocurridos en contextos de conflicto armado, presencia paramilitar dominante, estigmatización comunitaria y desconfianza generalizada frente a las autoridades. Debe recordarse que, según el precedente constitucional, en escenarios de violencia sistemática y de graves violaciones a los derechos humanos —como desapariciones forzadas y homicidios cometidos por grupos armados ilegales—, las víctimas enfrentan obstáculos estructurales para acceder a información, obtener pruebas o formular una conclusión certera sobre la autoría o participación estatal.
En tales condiciones, los jueces deben aplicar un enfoque flexible tanto para valorar las declaraciones como para determinar el momento en el cual la víctima pudo razonablemente adquirir dicho grado de certeza. (…) En atención a lo expuesto, y conforme a los criterios fijados por la Corte Constitucional, este Despacho procederá a analizar la caducidad de la acción bajo un enfoque flexible y garantista, propio de los casos relacionados con delitos de lesa humanidad y crímenes de guerra.
Dicho análisis incorporará las dificultades probatorias identificadas, el ocultamiento o ausencia de información relevante, las barreras institucionales para acceder a documentos o adelantos investigativos y el contexto de violencia sistemática en el cual ocurrieron los hechos, todo ello a la luz del principio pro víctima y del deber reforzado de asegurar un acceso efectivo a la administración de justicia. En consecuencia, y siguiendo dichos parámetros, el Despacho tomará como punto de referencia el proceso penal y su sentencia definitiva para efectos de determinar el momento a partir del cual los demandantes pudieron adquirir certeza sobre la eventual responsabilidad estatal.
No se asumirá como fecha determinante la aparición o entrega de los restos mortales del señor Flaminio Hernández Núñez, pues es únicamente a través del esclarecimiento penal —y no de la recuperación de los restos— que se obtiene un conocimiento cierto, verificable y jurídicamente relevante sobre la participación o aquiescencia de agentes estatales en el hecho dañino.” (resaltado fuera de texto). 7.3.8.
Siendo así que el a quo consideró que, pese a que se había demostrado que los restos de la víctima habían sido entregados a sus familiares, ello no era determinante para establecer el punto de inicio de la caducidad, pues acudió al criterio de certeza sobre la responsabilidad del Estado, que se concretaría en la sentencia penal en contra de Juan Carlos Castañeda Villamizar Y Flaminio Cocinero Costo, en el año 2021, es decir, luego de presentada la demanda. 7.3.9.
En esta oportunidad, la Sala debe hacer claridad respecto de cuál es la regla aplicable en el caso concreto, recordando que la caducidad es una institución procesal de orden público, por lo que es irrenunciable y perentoria, de tal manera que, incluso de oficio, debe ser declarada cuando se encuentra configurada, así no hubiera sido alegada por las partes.
Al respecto del carácter de la caducidad, el Consejo de Estado ha señalado: “La caducidad, en la primera de sus manifestaciones, es un mecanismo de certidumbre y seguridad jurídica, pues con su advenimiento de pleno derecho Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia y mediante su reconocimiento judicial obligatorio cuando el operador la halle configurada, se consolidan los derechos de los actores jurídicos que discuten alguna situación; sin embargo, en el anverso, la caducidad se entiende también como una limitación de carácter irrenunciable al ejercicio del derecho de acción, resultando como una sanción ipso iure que opera por la falta de actividad oportuna en la puesta en marcha del aparato judicial para hacer algún reclamo o requerir algún reconocimiento o protección de la justicia, cuya consecuencia, por demandar más allá del tiempo concedido por la ley procesal, significa la pérdida de la facultad potestativa de accionar”2. 7.3.10.
En el caso de marras, se encuentra probado que el señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) desapareció el día 4 de febrero del año 2003, situación que no fue cuestionada por las partes a lo largo del proceso y que cuenta con soporte en el material probatorio, como lo expuso con suficiencia el a quo. 7.3.11. Se encuentra en el expediente el Formato de Investigador de Campo FPJ-113, dirigido al fiscal coordinador subunidad de apoyo de la unidad de fiscalías para la justicia y la paz, en la que, por orden de trabajo O.T. 933, se realizó procedimiento de entrega de restos óseos humanos y apoyo psicosocial a los familiares en los municipios de Sogamoso (Boyacá) y Recetor (Casanare). 7.3.12.
Según esta orden, el día 6 de febrero de 2011 se adelantó: - Ceremonia de Entrega de Restos Óseos a los familiares. Se realizó un acto público en la Cancha de principal de Recetar a solicitud de la familia, con el acompañamiento de todas las autoridades y celebración Eucarística. - Desplazamiento de los familiares y funcionarios a los lugares de la inhumación. 7.3.13.
En esta ceremonia participaron los familiares de: 7.3.14. Además, se tiene el Informe Pericial de Genética número 571455GE4, de 14 de diciembre de 2010, en el que se cotejaron los restos del señor Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.) con los de la señora Leonilde Núñez de Hernández (madre) y del señor Óscar Yesid Hernández Salamanca (hijo), confirmando su parentesco y, por tanto, su identificación. 7.3.15.
También se aportó al expediente el certificado de entrega de restos humanos5 de la víctima Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.), por parte de 2 Consejo de Estado. Sala de lo Contencioso Administrativo. Sección Tercera. Subsección C. Providencia de 22 de noviembre de 2021 en acción de reparación directa con radicado 50001-23-31- 000-2008-00447-01(50247).
C.P. Nicolás Yepes Corrales. 3 Páginas 233-236, expediente penal 2012-098, cuaderno 24, primera instancia. 4 Páginas 2-6, expediente penal 2012-098, cuaderno 25, primera instancia. 5 Página 32, expediente penal 2012-098, cuaderno 25, primera instancia. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia la Fiscalía General de la Nación, firmado de conformidad por la señora Brisa Bernal Presiado, acreditada esposa del fallecido y acá demandante. 7.3.16.
Otro hecho que se probó adecuadamente fue que la conducta fue perpetrada por miembros de las Autodefensas Campesinas de Casanare – ACC, pues los elementos de contexto estudiados y las múltiples sentencias emitidas en contra de los subversivos dan cuenta de su influencia en el departamento, especialmente en los años 2003 a 2005, año de inicio de su proceso de desmovilización. 7.3.17.
Estos elementos conllevan a establecer, sin lugar a duda, que se configuró el delito de desaparición forzada, tipificado en el artículo 165 del Código Penal6, por haberse privado de la libertad, ocultado y negado la información sobre el paradero de la víctima. 7.3.18. Así las cosas, la regla de caducidad está claramente establecida en el artículo 164.2.i) del CPACA, en tanto los dos años debían empezar a contarse “a partir de la fecha en que aparezca la víctima o en su defecto desde la ejecutoria del fallo definitivo adoptado en el proceso penal”. 7.3.19.
Lo anterior significa que, en este tipo de eventos, el legislador sí previó situaciones precisas y concretas, por lo que la interpretación no tiene lugar, en razón del principio de imperio de la Ley (artículo 230 constitucional) y la restricción interpretativa del artículo 27 del Código Civil: “Cuando el sentido de la ley sea claro, no se desatenderá su tenor literal a pretexto de consultar su espíritu.
Pero bien se puede, para interpretar una expresión oscura de la ley, recurrir a su intención o espíritu, claramente manifestados en ella misma o en la historia fidedigna de su establecimiento”. 7.3.20. Desde la modificación del artículo 136 del Código Contencioso Administrativo (Decreto 01 de 1984) por la inclusión efectuada en virtud del artículo 7 de la Ley 589 de 2000 “Por medio de la cual se tipifica el genocidio, la desaparición forzada, el desplazamiento forzado y la tortura; y se dictan otras disposiciones”, el legislador previó estas reglas especiales, con la finalidad de que el ejercicio de esta acción –ahora medio de control- no se supeditara únicamente a la ocurrencia de los hechos: “Sin embargo, el término de caducidad de la acción de reparación directa derivada del delito de desaparición forzada, se contará a partir de la fecha en que aparezca la víctima o en su defecto desde la ejecutoria del fallo definitivo adoptado en el proceso penal, sin perjuicio de que tal acción pueda intentarse desde el momento en que ocurrieron los hechos que dieron lugar a la desaparición”. 7.3.21.
Esta disposición mantuvo vigencia en la Ley 1437 de 2011, como ya se ha expuesto, por lo que es claro que la norma, en este sentido, contempla tres (3) escenarios de inicio del conteo del término: i) la aparición de la víctima; ii) la ejecutoria de la sentencia penal que ponga fin al proceso; y iii) la ocurrencia del hecho mismo, si la parte demandante a bien lo tuviere. 6 El particular que someta a otra persona a privación de su libertad cualquiera que sea la forma, seguida de su ocultamiento y de la negativa a reconocer dicha privación o de dar información sobre su paradero, sustrayéndola del amparo de la ley, incurrirá en prisión de trescientos veinte (320) a quinientos cuarenta (540) meses, multa de mil trescientos treinta y tres punto treinta y tres (1333.33) a cuatro mil quinientos (4500) salarios mínimos legales mensuales vigentes y en interdicción de derechos y funciones públicas de ciento sesenta (160) a trescientos sesenta (360) meses.
A la misma pena quedará sometido, el servidor público, o el particular que actúe bajo la determinación o la aquiescencia de aquél, y realice la conducta descrita en el inciso anterior. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia 7.3.22.
Ya la jurisprudencia del Consejo de Estado, antes de la unificación del año 2020, había establecido ciertas consideraciones que es pertinente traer a colación, sobre esta situación especial: “Ahora bien, dentro del análisis de la caducidad de la acción de reparación directa se advierte que de los supuestos a considerar por el juez contencioso administrativo está aquel de la acción encaminada a establecer la responsabilidad patrimonial del Estado por acciones, omisiones o inactividad constitutivas de actos de lesa humanidad.
En el concepto de actos de lesa humanidad, ya el legislador colombiano determinó el alcance de la caducidad de la acción de reparación directa para el supuesto específico de la desaparición forzada, (que para su calificación como crimen de lesa humanidad debe cumplir con los siguientes elementos: debe tratarse de un ataque sistemático o generalizado dirigido a una población civil), tal como se desprende del inciso segundo del numeral 8º del artículo 136 del Código Contencioso Administrativo (Decreto 01 de 1984), adicionado por el artículo 7º de la ley 589 de 2000, y de cuyo tenor se deriva que el cómputo de la caducidad será “a partir de la fecha en que aparezca la víctima o en su defecto desde la ejecutoria del fallo definitivo adoptado en el proceso penal, sin perjuicio de que tal acción pueda intentarse desde el momento en que ocurrieron los hechos que dieron lugar a la desaparición”.
En este sentido, el término de caducidad, para el específico supuesto de la desaparición forzada, tiene tres posibles alternativas de cómputo: a) a partir del día de aparición de la víctima, lo cual se convierte en un dato histórico cierto y objetivo, del cual se puede predicar los postulados generales para la caducidad de la simple acción de reparación directa; b) a partir de la firmeza, por ejecutoria, del fallo penal que declare la desaparición forzosa, caso en el cual podría aplicarse las reglas jurisprudenciales que para el cómputo de la caducidad operan con ocasión de daños debidos a detención arbitraria (privación injusta de la libertad); y, por último, c) a partir del momento de ocurrencia de los hechos, que en la práctica constituye también una fecha cierta (y es la regla general)”7 (resaltado fuera de texto). 7.3.23.
Y, si bien diversas posiciones se han presentado respecto de si opera o no el término de caducidad en casos de crímenes de lesa humanidad, lo cierto es que la máxima autoridad de esta jurisdicción unificó su jurisprudencia en enero de 2020, criterio obligatorio para los operadores judiciales, sobre la procedencia de la caducidad, bajo las condiciones de cada caso particular. 7.3.24.
Esto implica que el legislador previó una situación especial para la desaparición forzada, bajo dos circunstancias que, de cumplirse una o la otra, configura el inicio del término de la caducidad del medio de control, sin que ello implique un desconocimiento del derecho internacional en materia de Derechos Humanos, como ya se ha expuesto en estas consideraciones. 7.3.25.
Justamente, la previsión de estas dos situaciones en la norma se da como forma de materialización de los componentes de justicia y verdad propios de los sistemas transicionales generados en marco de conflicto armado. 7.3.26. Esto es así, por cuanto el legislador ha entendido que la incertidumbre y la zozobra causadas por el hecho de la desaparición pueden significar un impedimento para deducir con certeza la posible responsabilidad estatal; sin embargo, cuando se da la aparición de la 7 Consejo de Estado.
Sala de lo Contencioso Administrativo. Sección Tercera. Subsección C. Providencia de 17 de septiembre de 2013 en acción de reparación directa con radicado 25000-23-26- 000-2012-00537-01(45092). C.P. Jaime Orlando Santofimio Gamboa. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia víctima o se hubiere dictado condena penal en contra de los responsables, es allí donde el derecho de acción en lo contencioso administrativo tiene su inicio. 7.3.27.
Por tanto, el a quo cometió un yerro en su interpretación, por cuanto, si bien tuvo por probado el hecho de la aparición de la víctima, desconoció la regla especial contenida en la norma para el caso de desaparición forzada, que ha sido consistente, tanto en la jurisprudencia del Consejo de Estado como de la Corte Constitucional, para acudir al criterio de conocimiento o convicción, que no es aplicable al particular. 7.3.28.
En consecuencia, la fecha de entrega de los restos mortales de Flaminio Hernández Núñez (q.e.p.d.), víctima previamente identificada mediante cotejo técnico por ADN, a sus familiares, es decir, el 6 de febrero de 2011, constituye el punto de partida para el conteo del término de caducidad del medio de control, por lo que el derecho de acción en este caso desapareció el 6 de febrero de 2013, por lo que al presentarse la solicitud de conciliación ante la procuraduría judicial II para asuntos administrativos el 18 de mayo de 2018, no era posible el análisis de fondo de este asunto. 7.3.29.
Ahora, el derecho de acción debe poder ser ejercido sin impedimento para que sea aplicable el término de caducidad del medio de control de reparación directa en estos eventos, pues ello implicaría una restricción al derecho de acceso a la administración de justicia, interpretado también de acuerdo con la disposición de la CADH y de la jurisprudencia de la Corte IDH. 7.3.30.
En el presente evento, la parte demandante no acreditó ninguna causa que, materialmente, hubiera impedido a las víctimas indirectas acudir a la administración de justicia en busca de la reparación demandada, siendo que, como se expuso con anterioridad, la regla procesal frente a la caducidad en eventos de desaparición forzada existe desde el año 2000, con la expedición de la Ley 589, es decir, era legislación vigente desde la desaparición hasta la entrega de los restos de la víctima. 7.3.31.
En conclusión, se revocará la sentencia dictada por el Juzgado Tercero Administrativo del Circuito de Yopal el 5 de febrero de 2026, para, en su lugar, declarar probada la excepción de caducidad del medio de control. 7.3.32. Por este motivo, la Sala se abstendrá de pronunciarse sobre los demás aspectos de los recursos de apelación planteados por las partes, por la ocurrencia del fenómeno extintivo de derecho.
VIII. COSTAS 8.1. Reiterando lo expuesto en múltiples sentencias proferidas después de la entrada en vigencia de la Ley 1437 de 2011, debe señalarse que en un Estado Social de Derecho como el que prevé nuestra Constitución (art. 1) resulta razonable ponderar en cada caso la actividad procesal de las partes para deducir de allí si hay lugar o no a condena en costas, teniendo en cuenta, por ejemplo, la conducta temeraria de la parte, si ella resulta dilatoria en la intervención del recurso, la proposición o trámite de un incidente, o el fundamento mismo de los actos procesales, pues algunos no son serios sino caprichosos o arbitrarios. 8.2.
Bajo estos presupuestos, para el caso que se analiza no resulta procedente la condena en costas en esta instancia. Tribunal Administrativo de Casanare 85001-3333-001-2018-00410-01 Leonilde Núñez y Otros vs. Nación – Ministerio de Defensa – Ejército Nacional Reparación Directa Sentencia de Segunda Instancia IX. DECISIÓN 9.1. En mérito de lo expuesto, el Tribunal Administrativo de Casanare, administrando justicia en nombre de la República de Colombia y por autoridad de la Ley, RESUELVE:
PRIMERO: REVOCAR la sentencia dictada por el Juzgado Tercero Administrativo del Circuito de Yopal el 5 de febrero de 2026.
SEGUNDO: DECLARAR PROBADA la excepción de CADUCIDAD del medio de control, en atención a las razones expuestas en la parte considerativa de la presente providencia.
TERCERO: NO CONDENAR en costas en esta instancia.
CUARTO: ORDENAR la devolución del expediente al juzgado de origen, cuando se encuentre en firme esta sentencia, dejando las copias de rigor. (Aprobado en Sala de 21 de mayo de 2026, acta número 61) NOTIFÍQUESE Y CÚMPLASE Firmado Electrónicamente – SAMAI LEONARDO GALEANO GUEVARA MAGISTRADO Firmado Electrónicamente – SAMAI AURA PATRICIA LARA OJEDA MAGISTRADA Firmado Electrónicamente – SAMAI BELSY YOHANA PUENTES DUARTE MAGISTRADA JPMP