República de Colombia Rama Judicial del Poder Público Tribunal Administrativo de Cundinamarca Sección Segunda – Subsección “E” Bogotá D.C., 17 de abril de 2026 Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 Demandante: Servicio Geológico Colombiano SGC Demandado: Héctor Julio Fierro Morales Medio de control: Conciliación I. Objeto de la decisión Procede la Sala a decidir el recurso de apelación interpuesto por la parte demandante en contra del auto proferido el 2 de septiembre de 2025 por el Juzgado Diecisiete Administrativo de Bogotá, por medio del cual se resolvió improbar el acuerdo conciliatorio realizado el 30 de julio de 2025 ante la Procuraduría 17 Judicial I para Asuntos Administrativos de Bogotá. II.
Antecedentes 1. Pretensiones1 1. Declarar la nulidad del memorando SGC-3-2024-006986 del 11 de diciembre de 2024 expedido por el instituto. 2. A título de restablecimiento del derecho y a través del mecanismo de la conciliación presentar formula de arreglo para pagar al Director General del instituto la bonificación de que trata el decreto 3150 de 2005, para el periodo correspondiente a diciembre de 2024, en un valor de $ 38.285.258. 2.
Hechos2 La parte convocante relata los siguientes: Que el director general de la entidad ha percibido la bonificación de dirección establecida en el Decreto 3150 de 2005 modificada por los Decretos 2480 de 2008 y 2699 de 2012 dicha prestación social le fue reconocida y cancelada al señor 1 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2;
ANEXOS04082025_091144. Pág. 13. 2 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 13 a 19. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 2 Héctor Julio Fierro Morales en tres periodos desde que se vinculó con la entidad, a saber: “1) junio 30 de 2023 por valor de $51.792.826 2) diciembre 30 de 2023 por valor de $34.528.550 3) junio 30 de 2024 por valor de $38.285.250”.
Como consecuencia de denuncias radicadas ante la Contraloría General de la República por presunto pago indebido de la bonificación de dirección al director de la entidad, el Contralor Delegado para Minas y Energía expidió el oficio 2024IE0101327 del 11 de septiembre de 2024 a través del cual dio traslado a la Contraloría Delegada para Responsabilidad Fiscal, Intervención Judicial y Cobro Coactivo del Hallazgo Fiscal dependencia que el 12 de noviembre de 2024 solicitó a la coordinadora de Talento Humano del Servicio Geológico Colombiano adelantar las acciones correspondientes a fin de obtener la cesación de pagos de la referida prestación al director para el mes de diciembre de 2024.
A través del auto 00185 del 4 de febrero de 2025 la Unidad de Responsabilidad Fiscal Dirección de Investigaciones 4 de la Contraloría General de la República “consideró que al no existir certeza sobre la existencia de un daño patrimonial, ni prueba contundente de ello era viable otorgar al Director la remuneración correspondiente a la bonificación de dirección para altos funcionarios, ordenando el archivo del antecedente fiscal por la presunta afectación patrimonial a los intereses del Servicio Geológico Colombiano, absteniéndose además de iniciar proceso de responsabilidad fiscal”.
Refiere que se solicitó a la Oficina Asesora Jurídica concepto respecto del pago de la bonificación de dirección al director general de la entidad dependencia que brindó anuencia respecto del pago de la prestación. Además, mediante correo electrónico del 4 de abril de 2025 la dependencia de Talento Humano solicitó a la Oficina Asesora Jurídica lo siguiente: “Estimado doctor Raúl buenos días Reciba un cordial saludo De manera atenta, de acuerdo con el hilo de correo que antecede, me permito comedidamente precisar el objeto de la solicitud formulada en los siguientes términos: De acuerdo con la solicitud de reconocimiento y pago de la bonificación de dirección por parte del funcionario, tal y como se mencionó en la mesa de trabajo, no es posible adelantar este reconocimiento y pago con cargo a recursos de la vigencia correspondientes al rubro de nómina por haberse causado estos en la vigencia 2024, razón por la que resulta necesario explorar la posibilidad de formulación de solicitud de conciliación extrajudicial ante la Procuraduría General de la Nación por conducto de la Oficina Asesora Jurídica, considerando las competencias asignadas a la misma por el artículo 3 del Decreto 2703 de 2013.” Sumado a lo anterior a través de correo electrónico del 30 de marzo de 2025 el convocado solicitó a la entidad lo siguiente: Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 3 “Con base en la información que me ha sido remitida solicito que me sean pagadas las bonificaciones que dejé de percibir en 2024, en razón a que tanto la CGR como la oficina asesora jurídica se han referido al derecho que tengo a percibirlas.
En la comunicación de la CGR se puede leer que: “no se cuenta con certeza sobre la existencia de un daño patrimonial, ni se ha presentado prueba contundente que demuestre que el Director del Servicio Geológico Colombiano no tenga derecho a la bonificación de alta dirección. Por el contrario, se establece que, mediante el Decreto 3150 de 2005, se creó la bonificación especial para los Directores de Establecimientos Públicos.
Adicionalmente, la Dirección General del Presupuesto Público Nacional del Ministerio de Hacienda y Crédito Público, en su concepto emitido bajo el radicado 2- 2024- 006160 del 13 de febrero de 2024, se pronunció sobre el régimen presupuestal Del Servicio Geológico Colombiano. En dicho concepto, indicó que el Instituto Geológico Colombiano se rige por las normas presupuéstales (sic) aplicables a los Establecimientos Públicos, y bajo este régimen, es viable otorgar al Director la remuneración correspondiente a la bonificación de dirección para altos funcionarios.” (subrayas fuera de texto) Por parte de la OAJ del SGC las consideraciones son similares: “Es así como, ante la decisión de archivo de la actuación de responsabilidad fiscal es procede (sic) el restablecimiento del derecho del trabajador, derecho que se ha venido reconocido y pagado (sic) a los Directores Generales desde la creación del instituto (…)” Mediante oficio 2025-120-005485-2 se emitió respuesta en los siguientes términos: “De la misma manera, de acuerdo con la documental aportada para la presente respuesta así como los antecedentes ya expuestos, al Director General no le fue pagada la Bonificación correspondiente a diciembre de 2024, por lo que sería del caso que el instituto proceda con el pago de la prestación si no fuera porque de acuerdo al principio de anualidad en materia presupuestal, las autoridades públicas no podrán adquirir, luego del 31 de diciembre de cada año, compromisos que afecten las apropiaciones presupuestales de la anualidad que se cierra; esto es, que los organismos del Estado deberán abstenerse de comprometer vigencias presupuestales futuras, toda vez que los ingresos y gastos deberán ejecutarse en el año que corresponda.
En tal sentido y como quiera que el pago que se pretende corresponde a la anualidad inmediatamente anterior, no es procedente su pago de manera directa, sino que deberá convocarse al comité de conciliación y defensa judicial de la entidad a fin de presentar recomendación que permita a través de los Mecanismos Alternativos de Solución de Conflictos, presentar formula de arreglo ante Procuraduría delegada para asuntos de lo contencioso administrativo en los términos de la ley 2220 de 2022.
Surtida esta etapa, será remitida el acta al juez de lo contencioso administrativo a fin de que se apruebe la conciliación a que haya lugar.” El 29 de mayo de 2025 se presentó la ficha 336431 ante el Comité de Conciliación de la entidad, quién decidió presentar formula de arreglo. 3. Pruebas allegadas al presente trámite - Oficio 2-2024-006160 del 13 de febrero de 2024 a través del cual la directora general del Presupuesto Público Nacional del Ministerio de Hacienda y Crédito Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 4 Público le informó a l Secretaría General del Servicio Geológico Colombiano lo siguiente3: “En primer lugar, respecto de la naturaleza jurídica del Servicio Geológico Colombiano, el Decreto Ley 4131 de 20112 establece: (…) De la normativa transcrita, se concluye que el Servicio Geológico Colombiano es Instituto Científico y Técnico con personería jurídica, autonomía administrativa, técnica, financiera y patrimonio independiente, el cual se encuentra constituido, entre otras fuentes, por los aportes que reciba del Presupuesto General de la Nación. (…) Por otro lado, de conformidad con la Ley 2342 de 20233 y el Decreto 2295 del 29 de diciembre de 20234, el Servicio Geológico Colombiano es la Sección 2103 del Presupuesto General de la Nación. (…) De conformidad con el artículo 4 del Estatuto Orgánico de Presupuesto, todas las personas jurídicas públicas del orden nacional, cuyo patrimonio este constituido por fondos públicos y no sean Empresas Industriales y Comerciales del Estado o Sociedades de Economía Mixta, se les aplicará las disposiciones que rigen para los establecimientos públicos del orden nacional.
(…) Ahora bien, es claro que el Instituto Geológico Colombiano, de conformidad con el Decreto Ley 4131 de 2011 y la clasificación que ofrece la Ley 489 de 1998, es un Instituto Científico Colombiano, no obstante, para efectos presupuestales se rige por las disposiciones presupuestales aplicables a los Establecimientos Públicos, como quiera que su patrimonio está constituido por fondos públicos que la Constitución Política denomina el Tesoro Público, entre los que destacan, los aportes que realiza el Presupuesto General de la Nación. En ese orden de ideas, el Instituto Geológico Colombiano debe dar aplicación estricta del régimen presupuestal aplicable a los Establecimiento Públicos, incluyendo las normas vigentes referentes a la preparación, programación, modificación y ejecución de su presupuesto en el Estatuto Orgánico de Presupuesto y el Decreto 1068 de 20157.
Sobre este particular, la Constitución Política dispone: “ARTICULO 352. Además de lo señalado en esta Constitución, la Ley Orgánica del Presupuesto regulará lo correspondiente a la programación, aprobación, modificación, ejecución de los presupuestos de la Nación, de las entidades territoriales y de los entes descentralizados de cualquier nivel administrativo, y su coordinación con el Plan Nacional de Desarrollo, así como también la capacidad de los organismos y entidades estatales para contratar.” (Subyacente y negrilla fuera del original).” - Memorando suscrito por el jefe de la Oficina Asesora Jurídica del Servicio Geológico Colombiano a través del cual se emite concepto jurídico respecto al pago de la bonificación de dirección al director general del Servicio Geológico Colombiano4 en el que se concluyó lo siguiente: “5.
Conclusiones de la Oficina Asesora Jurídica De acuerdo con los antecedentes normativos y el pronunciamiento del ente de control fiscal sobre el presente asunto se concluye que: 3 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 41 a 44. 4 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144.
Pág. 45 a 55. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 5 1. Persiste el interrogante desde aspectos interpretativos en torno al Decreto 3150 de 2005 y los Decretos salariales anuales expedidos por el Gobierno Nacional, puesto que como se indicó anteriormente, no se evidencia que los empleos de los Institutos Científicos y Técnicos se encuentren incluidos dentro de los expresamente beneficiarios de la Bonificación de Dirección. 2.
Si la suspensión del pago de la bonificación de dirección para los periodos 2023 y 2024, para el Director del Servicio Geológico Colombiano, surgió como un plan de mejora en respuesta a la observación y posterior hallazgo fiscal de la Contraloría General de la República dentro de la actuación de indagación preliminar, en tanto que, inicialmente consideró que existía irregularidad en el pago de esa prestación económica, y ahora, dicho hallazgo fue archivado por la mencionada autoridad, quien, según Auto No. 00185 del 04 de febrero de 2025, no encontró probada irregularidad, ni detrimento patrimonial en el pago de la bonificación ya precitada, de manera que, según las consideraciones expuestas por la Contraloría, no existen argumentos de orden fiscal que impidan que las circunstancias descritas vuelvan a su estado anterior. 3.
En efecto, de acuerdo con los argumentos expuestos en la respuesta presentada por esta entidad al ente de control y el posterior pronunciamiento proferido por el operador fiscal, procede el reconocimiento y pago de la prestación social que ocupa nuestra atención. 4. En cuanto al pago retroactivo de la bonificación, es necesario tener en cuenta que la suspensión de esa prestación económica al Director General se dio por parte del Servicio Geológico Colombiano en aplicación de un plan de mejoramiento ante el hallazgo AN-86112-2024-47307 de la Contraloría General de la República, y no por una decisión del organismo de control fiscal en desarrollo de la indagación preliminar.
Es así como, ante la decisión de archivo de la actuación de responsabilidad fiscal es procede el restablecimiento del derecho del trabajador, derecho que se ha venido reconocido y pagado a los Directores Generales desde la creación del instituto, Decreto 4131 de 2011, y que corresponden a actuaciones administrativas que están amparadas bajo el principio de presunción de legalidad, de manera que, en firme la decisión de archivo de la indagación preliminar de la Contraloría General de la República, es la propia administración la llamada a retrotraer las cosas a su estado anterior en relación con las vigencias 2023 y 2024.
Se precisa que también le asiste interés directo al beneficiario de la bonificación de dirección quien igualmente puede solicitar el pago de esa prestación causada a su favor. Para finalizar, sin perjuicio del análisis efectuado en el presente documento, como es de su conocimiento cursa ante la Sala de Consulta y Servicio del Consejo de Estado, solicitud de concepto elevado por la Cartera de Minas y Energía por este interrogante ante Consejo de Estado, Sala de Consulta y Servicio Civil, radicado en el Despacho de la Consejera de Estado María del Pilar Bahamón Falla, bajo el número 2025-00036-00, por lo que será el ordenador de gasto (delegada) quien determine si aguarda el pronunciamiento que sobre el particular profiera el máximo órgano de consulta del Gobierno Nacional.” - Memorando del 18 de diciembre de 20245 mediante el cual la entidad le comunicó al señor Héctor Julio Fierro Morales la “cesación de los pagos de la bonificación de dirección”. - Auto 00185 del 4 de febrero de 2025 a través del cual la Contraloría delegada para Responsabilidad Fiscal, Intervención Judicial y Cobro Coactivo.
Unidad de Responsabilidad Fiscal Dirección de Investigaciones 4 resolvió6: 5 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 56. 6 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 27 a 37. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 6 “De acuerdo con los argumentos presentados por la entidad, se establece que el cambio en la naturaleza jurídica del Servicio Geológico Colombiano, de establecimiento público a Instituto Científico y Técnico, no alteró el régimen laboral aplicable a sus empleados.
En este sentido, la entidad continuó rigiéndose por las normas que regulan a los Establecimientos Públicos, en particular aquellas relacionadas con la remuneración y bonificaciones de alta dirección. Así, se entiende que el Director de la entidad, el señor Héctor Julio Fierro Morales, seguía estando sujeto al régimen presupuestal y laboral correspondiente a los Establecimientos Públicos, lo que justifica el pago de la Bonificación de Alta Dirección. (…)
PRIMERO: ARCHIVAR el antecedente fiscal N.º AN-86112-2024-47307, el cual refería presunta afectación patrimonial a los intereses del SERVICIO GEOLOGICO COLOMBIANO de conformidad con las consideraciones expuestas en la parte motiva de la presente providencia y en consecuencia ABSTENERSE de iniciar Proceso de Responsabilidad Fiscal.
SEGUNDO: COMUNICAR la presente decisión al Representante Legal del SERVICIO GEOLOGICO COLOMBIANO.
TERCERO: COMUNICAR y enviar copia de la decisión adoptada en la presente providencia, a la Contraloría Delegada para el Sector de Minas y Energía de la Contraloría General de la República.
CUARTO: REMITIR en firme este proveído, el expediente contentivo del Antecedente AN-86112-2024-47307, al archivo de gestión de la Dirección de Investigaciones 4, adscrita a la Unidad de Responsabilidad Fiscal de la Contraloría Delegada Para Responsabilidad Fiscal, Intervención Judicial y Cobro Coactivo de la Contraloría General de la República, el cual será dispuesto conforme a la reglamentación del Sistema de Gestión de Calidad. - Memorando del 12 de abril de 2025 a través del cual la secretaría general de la entidad solicita a la coordinadora del grupo de Talento Humano de la entidad encargada del pago de la nómina “oficiar al proveedor de software con el fin de adelantar las acciones necesarias dentro del aplicativo utilizado para el pago de nómina del personal del Servicio Geológico Colombiano, para desactivar la opción de pago de la precitada bonificación de Dirección al Director General, de acuerdo con lo indicado”7. - Memorando del 24 de abril de 2025 a través del cual la entidad le da alcance a la comunicación SGC-3-2025-001478 del 11 de abril de 20258. - Oficio 2025-120-005485-2 del 26 de mayo de 2025 a través del cual el jefe de Oficina Asesora de la entidad atendió la solicitud de pago de la bonificación de dirección radicada por el señor Héctor Julio Fierro Morales en calidad de director general del Servicio Geológico Colombiano9. - Certificación en la que consta que el Comité de Conciliación del Servicio Geológico Colombiano en sesión extraordinaria No. 11 del 29 de mayo de 2025 7 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2;
ANEXOS04082025_091144. Pág. 73 a. 8 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 63 a 67. 9 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 21 a 26. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 7 resolvió presentar fórmula de arregló en el caso del señor Háctor Julio Fierro Morales10. - Constancia del 5 de junio de 2025 emitida por la Coordinadora del grupo de trabajo de Talento Humano de la entidad en la que consta que el señor Héctor Julio Fierro Morales presta sus servicios al Servicio Geológico Colombiano desde el 26 de octubre de 2022 a la fecha de expedición, en el cargo de director general, código 0015, grado 27 de la planta global y se le han realizado los siguientes pagos por concepto de bonificación de dirección11: 4.
Acta de conciliación12 En audiencia llevada a cabo el 30 de julio de 2025 ante la Procuraduría 17 Judicial II para Asuntos Administrativos de Bogotá, se llegó a la siguiente fórmula conciliatoria: Para efectos de esta audiencia fue allegada certificación No. 336431 del SECRETARÍO TÉCNICO ENCARGADO DEL COMITÉ DE CONCILIACION DEL SERVICIO GEOLOGICO COLOMBIANO, de fecha 29 de mayo de 2025., cuyo contenido se trae a continuación: Cita el acta de Conciliación allegada por la entidad.
Se le solicito al doctor CARLOS ANDRÉS CORREDOR GRANADOS se pronuncie sobre la propuesta conciliatoria de la SERVICIO GEOLÓGICO COLOMBIANO. Escuchadas la posición de la entidad hoy convocante en la presente audiencia, se le concede el uso de la palabra al apoderado de la parte convocada, al doctor JORGE IVÁN MOYA GUAJE, para que manifieste su posición frente a lo expuesto por el SERVICIO GEOLÓGICO COLOMBIANO “( ) Gracias señor Procurador.
En efecto, en representación del doctor Héctor Julio Fierro Morales, quien conoce de la propuesta y quien ha expresado de manera libre, espontánea su deseo de aceptarla en ese sentido. Se acepta dicha propuesta del valor de 38285258 pesos a título de la bonificación que trata del decreto 31502 1005 de la forma y tiempo de pago expresado acá́ por la entidad convocante, señor Procurador. 10 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2;
ANEXOS04082025_091144. Pág. 38 a 39. 11 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 40. 12 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; DEMANDA04082025_091114. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 8 El despacho, solicito al doctor JORGE IVÁN MOYA GUAJE, en calidad de apoderado de la parte convocada, manifesté́ si acepta los términos. ( ) Sí, señor.
CONSIDERACIÓN MINISTERIO PÚBLICO: La Procuradora Judicial considera que el anterior acuerdo contiene obligaciones claras, expresas y exigibles, en cuanto al tiempo, modo y lugar de su cumplimiento siendo claro en relación con el concepto conciliado cuantía y fecha para el pago y reúne los siguientes requisitos: (i) el eventual medio de control que se ha podido llegar a presentar no ha caducado (art. 61, Ley 23 de 1991, modificado por el art. 81, Ley 446 de 1998);
(ii) el acuerdo conciliatorio versa sobre sobre conflictos de carácter particular y contenido patrimonial disponibles por las partes (art. 59, Ley 23 de 1991, y 70, Ley 446 de 1998); (iii) las partes se encuentran debidamente representadas a conciliar; (iv) obran en el expediente el cual contiene las pruebas necesarias que justifican el acuerdo, a saber: 1.
Auto No. 001-2025 admisorio de la solicitud de conciliación 2. Escrito de la solicitud de conciliación 3. Poder y documentos soporte del apoderado del extremo convocante y convocada para la presente audiencia 4. Respuesta a la solicitud del pago de radicado No. 2025-120-005485-2 de fecha 26 de mayo de 2025 5. Auto No. 00185 de fecha 04 de febrero de 2025 de la Contraloría General de la República, mediante el cual ordena el archivo del antecedente AN-16112-2024- 47307 Servicio Geológico Colombiano. 6.
Certificación del comité́ de conciliación de la entidad que contine la decisión de conciliar. 7. Certificación de pago realizados por concepto de Bonificación de Dirección de acuerdo con el Decreto 3150 de 2005, de fecha 05 de junio de 2025 8. Copia Respuesta al Servicio Geológico Colombiano respecto de su régimen presupuestal Radicado de entrada: 1-2024-010405 No. Expediente 161/2024/GEA 9.
Copia memorando Solicitud de concepto jurídico respecto al pago de la Bonificación de Dirección al director general del Servicio Geológico Colombiano. 10. Copia memorando Cesación de los pagos de la bonificación de dirección del director General del Servicio Geológico Colombiano – Acción Plan de Mejoramiento - “Hallazgo 01 (A) (D) (P) (OI) prima técnica automática reconocida y pagada al director general del Servicio Geológico Colombiano.” 11.
Copia correo electrónico Información sobre auto de archivo del proceso de CGR - Bonificación de dirección mensajes Jessica Martínez Huertas <jlmartinez@sgc.gov.co>19 de marzo de 2025, 17:00 12. Copia memorando Alcance a la comunicación con radicado SGC-3-2025-001478 del 11 de abril de 2025, por la cual se presentó́ solicitud de reconocimiento y pago de la Bonificación de Dirección correspondiente a la vigencia 2024 al director general del Servicio Geológico Colombiano – Solicitud de presentación del caso ante el Comité́ de Conciliación. 13.
Copia memorando Cesación de los pagos de la bonificación de dirección del director general del Servicio Geológico Colombiano – Plan de Mejoramiento “Hallazgo 01 (A) (D) (P) (OI) prima técnica automática reconocida y pagada al director general del Servicio Geológico Colombiano”. 14. Constancia de radicación de este escrito ante la Agencia Jurídica del Estado, y demás pertinentes.
Y (v) en criterio de esta agencia del Ministerio Público, el acuerdo contenido en la certificación del comité́ de conciliación del SERVICIO GEOLÓGICO COLOMBIANO no es violatorio de la Ley y no resulta lesivo para el patrimonio público. (art. 3, 7, 91-1-3, 95, de la Ley 2220 de 2022). Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 9 5. La providencia apelada13 El 2 de septiembre de 2025 el Juzgado Diecisiete Administrativo de Bogotá resolvió improbar el acuerdo conciliatorio realizado el 30 de julio de 2025, como primera medida analizó el Decreto 3150 de 2005 a través del cual se dispuso la creación de la bonificación de dirección, citando de forma expresa el artículo en tanto allí se dispone las entidades que son beneficiarias de dicha prestación. Acto seguido analizó la naturaleza jurídica del Servicio Geológico Colombiano para lo cual encontró que mediante el Decreto 4131 de 2011 se cambió su naturaleza jurídica y paso de ser un establecimiento público a un instituto científico y técnico, con personería jurídica, autonomía administrativa, técnica y financiera, así como patrimonio independiente.
Atendiendo a las dos normas, concluyó que dentro de los beneficiarios expresamente previstos en el Decreto 3150 de 2005 no se encuentran los institutos científicos y técnicos, por lo cual no se encuentra acreditado que el señor Héctor Julio Fierro Morales en calidad de director general del Servicio Geológico Colombiano. En consideración a lo anterior, concluyó que la conciliación no se encuentra ajustada a derecho y por ende podría comprometer el patrimonio público, por tanto, la improbó. 6.
El recurso de apelación14 Inconforme con la anterior determinación, la parte convocante formuló apelación pues considera que no se presentó una adecuada valoración probatoria lo que conllevo al juez a improbar el acuerdo conciliatorio. Refiere que analizados en conjunto cada uno de los conceptos jurídicos emitidos por el Servicio Geológico Colombiano, por la Contraloría General de la República y el Ministerio de Hacienda y Crédito Público los cuales cita in extenso, se puede establecer la procedencia en el pago de la bonificación de dirección a favor del director general de la entidad.
Explica que pese a que la entidad tiene una naturaleza jurídica de instituto científico y técnico los recursos se giran como establecimiento público, lo que permite que se efectúe el pago de dicha prestación. 13 7ED_Expediente_06AutoInaprueba(.pdf) NroActua 2. 14 8ED_Expediente_07RecursoApelacion(.pdf) NroActua 2. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 10 7.
Trámite del recurso Por auto de 29 de septiembre de 2025 el Juzgado Diecisiete Administrativo del Circuito Judicial de Bogotá15 dispuso conceder el recurso de apelación presentado por la parte demandante. III. Consideraciones Tal como lo dispone el numeral 3º del artículo 243 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo (CPACA) modificado por el artículo 62 de la Ley 2080 de 2021, el recurso de apelación procede contra la decisión que apruebe o impruebe conciliaciones extrajudiciales.
De otro lado, teniendo en cuenta las reglas establecidas en el artículo 125 ibidem16, y al observarse la concurrencia de los requisitos contemplados en el artículo 24417 de la mencionada codificación, la Sala entra a resolver el recurso de apelación contra la decisión dictada el 2 de septiembre de 2025 por el Juzgado Diecisiete Administrativo de Bogotá, que improbó el acuerdo de conciliación realizado por las partes ante la Procuraduría 17 Judicial II para Asuntos Administrativos de Bogotá. Para tales efectos, la Sala desarrollará el marco normativo aplicable a la conciliación extrajudicial como mecanismo alternativo de resolución de conflictos, y luego descenderá a las particularidades del caso concreto a fin de establecer si se hallan o no acreditados los requisitos para su aprobación o improbación. 1.
Marco normativo En los términos de la Ley 2220 de 202218, la conciliación extrajudicial es un mecanismo por medio del cual dos o más personas gestionan por sí mismas la solución de sus controversias de carácter particular y contenido económico, ante conciliador, cuyo propósito es el de facilitar el acceso a la justicia, generar 15 10ED_Expediente_09AutoConcedeRecurso(.pdf) NroActua 2. 16 Artículo 125.
Modificado por el art. 20, Ley 2080 de 2021 <El nuevo texto es el siguiente> De la expedición de providencias. La expedición de las providencias judiciales se sujetará a las siguientes reglas: 1. Corresponderá a los jueces proferir los autos y las sentencias. 2. Las salas, secciones y subsecciones dictarán las sentencias y las siguientes providencias: (…) g) Las enunciadas en los numerales 1 a 3 y 6 del artículo 243 cuando se profieran en primera instancia o decidan el recurso de apelación contra estas 17 Artículo 244.
Modificado por el art. 64 de la Ley 2080 de 2021 <El nuevo texto es el siguiente> Trámite del recurso de apelación contra autos. La interposición y decisión del recurso de apelación contra autos se sujetará a las siguientes reglas: (…) 3. Si el auto se notifica por estado, el recurso deberá interponerse y sustentarse por escrito ante quien lo profirió, dentro de los tres (3) días siguientes a su notificación o a la del auto que niega total o parcialmente la reposición. En el medio de control electoral, este término será de dos (2) días. 18 “por medio de la cual se expide el estatuto de conciliación y se dictan otras disposiciones”.
Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 11 condiciones aptas para el diálogo y la convivencia pacífica, y servir como instrumento para la construcción de paz y tejido social, además, en materia contencioso administrativa, tiene como finalidad la salvaguarda y protección del patrimonio público y el interés general. Por su parte, el artículo 89 de la aludida norma dispuso cuáles son los asuntos susceptibles de conciliación en materia contencioso administrativo, en los siguientes términos: Artículo 89.
Asuntos susceptibles de conciliación en materia de lo contencioso administrativo. En materia de lo contencioso administrativo serán conciliables todos los conflictos que puedan ser conocidos por la Jurisdicción de lo Contencioso Administrativo, siempre que la conciliación no esté expresamente prohibida por la ley. Podrán conciliar, total o parcialmente, las entidades públicas y las personas privadas que desempeñan funciones propias de los distintos órganos del Estado, por conducto de apoderado.
Podrá acudirse a la conciliación extrajudicial sin que medie una intención de demanda y podrá ser presentada de común acuerdo por las partes de un eventual conflicto. Para la procedencia de la conciliación no será necesaria la renuncia de derechos. En asuntos de naturaleza laboral y de la seguridad social podrá conciliarse si con el acuerdo no se afectan derechos ciertos e indiscutibles.
Cuando medie acto administrativo de carácter particular, podrá conciliarse sobre los efectos económicos del mismo si se da alguna de las causales del artículo 93 de la Ley 1437 de 2011, evento en el cual, una vez aprobado el acuerdo por el juez contencioso administrativo, se entenderá revocado o modificado el acto y sustituido por el acuerdo.
Igualmente, en lo que respecta a los asuntos no conciliables y a los principios de la conciliación, la norma en comento consagró: Artículo 90. Asuntos no conciliables. No son susceptibles de conciliación extrajudicial en asuntos de lo contencioso administrativo: 1. Los que versen sobre conflictos de carácter tributario. 2. Aquellos que deban ventilarse a través de los procesos ejecutivos de los contratos estatales. 3.
En los que haya caducado la acción. 4. Cuando se pretenda la nulidad y restablecimiento del derecho, y aún procedan recursos en el procedimiento administrativo o este no estuviere debidamente agotado. 5. Cuando la Administración cuente con elementos de juicio para considerar que el acto administrativo ocurrió por medios fraudulentos.
Artículo 91. Principios de la conciliación extrajudicial en asuntos de lo contencioso administrativo. La conciliación extrajudicial en asuntos Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 12 contencioso administrativos se guiará por los principios generales previstos en la presente ley, así como por los principios de la función administrativa y de la gestión fiscal de que tratan los artículos 209 y 267 de la Constitución Política.
Igualmente, serán aplicables los principios de que trata el Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo en cuanto resulten compatibles con la naturaleza y características de este mecanismo alternativo de solución de controversias. Serán principios especiales en la conciliación en materia contenciosa administrativa: 1.
La salvaguarda y protección del patrimonio público y el interés general. En la conciliación en materia de lo contencioso administrativo la actuación se guiará siempre con miras a la protección y salvaguarda del patrimonio público y el interés general, por lo cual el agente del Ministerio Público en su carácter de conciliador deberá actuar y guiar a las partes para que en su fórmula de arreglo de las diferencias no se menoscabe esta salvaguarda y protección. 2.
La salvaguarda y protección de los derechos ciertos e indiscutibles. En la conciliación en materia de lo contencioso administrativo el agente del Ministerio Público en su carácter de conciliador deberá actuar y guiar a las partes para que en su fórmula de arreglo de las diferencias no se menoscaben los derechos ciertos e indiscutibles, partiendo de la garantía de los derechos. 3.
Protección reforzada de la legalidad. En la conciliación, en materia contencioso administrativa el agente del Ministerio Público velará por que en la fórmula de arreglo de las diferencias no se comprometa la legalidad, salvaguardando que la misma sea conforme a la Constitución Política y la ley, este conforme al interés público o social, no cause un agravio injustificado a una de las partes o a un tercero, o sea lesivo para el patrimonio público.
Parágrafo 1. Los principios especiales de la conciliación en materia contencioso administrativa son aplicables al momento de estudiar la aprobación de los acuerdos conciliatorios por parte del juez de lo contencioso administrativo. Parágrafo 2. La conciliación extrajudicial en asuntos contencioso administrativos por medios electrónicos se regirá por los principios de economía, neutralidad tecnológica, autenticidad, integridad, interoperabilidad y recuperabilidad de la información y armonización directa con las corporaciones o despachos judiciales de conformidad con la normativa aplicable en materia de uso de las tecnologías de la información y las comunicaciones.
Con el uso de las tecnologías de la información y las comunicaciones en el proceso de conciliación extrajudicial contencioso administrativo se deberá aumentar, profundizar y hacer eficiente y eficaz el aprovechamiento de los datos, con la finalidad de generar valor social y económico, en el marco de lo establecido en la Ley 1581 de 2012.
Con fundamento en lo anterior, y de acuerdo con los reiterados pronunciamientos del Consejo de Estado, el acuerdo conciliatorio prejudicial se somete a los siguientes supuestos de aprobación: • La debida representación de las partes y que estén debidamente facultadas para conciliar. • Que no haya operado la caducidad de la acción. • Que lo reconocido patrimonialmente esté debidamente respaldado en la actuación. • Que el acuerdo no resulte violatorio de la ley, ni lesivo para el patrimonio público.
Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 13 En este sentido, hay que destacar, además, que el máximo Tribunal de lo Contencioso Administrativo ha sostenido19: “Ahora bien, al ser la aprobación del acuerdo conciliatorio procesal o extraprocesal una labor otorgada al juez contencioso administrativo, cuando éste realiza el estudio respectivo, además de valorar los requisitos que vienen dados por ley – que se hayan presentado las pruebas necesarias, que no sea violatorio de la ley y que no resulte lesivo para el patrimonio público20-, es su deber verificar que con el acuerdo se estén cumpliendo los postulados constitucionales tendientes a la reparación integral del daño, pues de lo contrario, solo será procedente su improbación, en concordancia con la finalidad de la actividad judicial en un Estado Social de Derecho, como se viene de explicar”.
(…) realizar el estudio de aprobación de un acuerdo conciliatorio supone, por parte del juez, la integración de dos dimensiones jurídico-sociales: la autonomía de la voluntad privada dentro de los límites que se viene de indicar, con la fuerza normativa que la reviste en el ejercicio de autorregularse, y los fines del Estado Social de Derecho basados en el bien común y el interés general, para que solo pueda ser aprobado si se respeta a cabalidad el núcleo de ambas dimensiones, ponderando en cada caso concreto el nivel de aplicabilidad de cada una de ellas”. 2.
Requisitos para la aprobación del acuerdo conciliatorio 2.1. Solicitud de conciliación presentada por intermedio de abogado titulado con facultad para conciliar. Se observa cabalmente cumplido este requisito, toda vez que obran en el expediente el poder otorgado por la entidad convocante a su apoderado quien se presentó a la diligencia de conciliación prejudicial21, revestido para tal posibilidad; similar situación ocurre respecto del convocado, pues se evidencia que confirió poder a su abogado con la expresa facultad de conciliar22.
Igualmente, el comité de conciliación de la entidad convocante sometió el asunto a su conocimiento, autorizando conciliar con la parte convocada, en los términos consignados en las certificaciones de 29 de mayo de 202523 cuyo contenido concuerda con el acta de conciliación suscrita por la Procuraduría 17 Judicial I para Asuntos Administrativos de Bogotá. 19 Consejo De Estado, Sección Tercera Subsección “C” C.P.: Enrique Gil Botero, sentencia del 24 de noviembre de 2014, radicación: 07001-23-31-000-2008000901(37.747). 20 Artículo 73 Ley 446 de 1998: Competencia. La Ley 23 de 1991 tendrá un artículo nuevo, así: Artículo 65A.
El auto que apruebe o impruebe el acuerdo conciliatorio corresponde a la Sala, Sección o Subsección de que forme parte el Magistrado que actúe como sustanciador; contra dicho auto procede recurso de apelación en los asuntos de doble instancia y de reposición en los de única. El Ministerio Público podrá interponer el recurso de apelación para ante el Tribunal, contra el auto que profiera el Juez Administrativo aprobando o improbando una conciliación. Las partes podrán apelarlo, sólo si el auto imprueba el acuerdo.
La autoridad judicial improbará el acuerdo conciliatorio cuando no se hayan presentado las pruebas necesarias para ello, sea violatorio de la ley o resulte lesivo para el patrimonio público. Parágrafo. Lograda la conciliación prejudicial, el acta que la contenga será suscrita por las partes y, por el agente del Ministerio Público y se remitirá, a más tardar, al día siguiente, al Juez o Corporación que fuere competente para conocer de la acción judicial respectiva, a efecto de que imparta su aprobación o improbación. El auto aprobatorio no será consultable." 21 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2;
ANEXOS04082025_091144. Pág. 76 a 87. 22 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091144. Pág. 89 a 91. 23 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2; ANEXOS04082025_091209. Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 14 De otro lado, la solicitud de conciliación fue admitida y llevada a cabo ante la Procuraduría 17 Judicial I para Asuntos Administrativos, autoridad competente para adelantar conciliaciones en materia contenciosa administrativa. 2.2.
Que no hubiere operado el fenómeno de la caducidad respecto de la acción ordinaria establecida por la vía judicial para dirimir el conflicto que se pretende conciliar Se procura conciliar el pago de la bonificación de dirección consagrada en el Decreto 3150 de 2005 dejada de percibir el 31 de diciembre de 2024 por el señor Héctor Julio Fierro Morales en calidad de director general del Servicio Geológico Colombiano. Por lo tanto, la Sala se remite a lo consagrado en el artículo 164 del CPACA, el cual contempla las reglas para el cómputo de la caducidad en el medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho, en estos términos: “ARTÍCULO 164.
OPORTUNIDAD PARA PRESENTAR LA DEMANDA. La demanda deberá ser presentada: 1. En cualquier tiempo, cuando: (…) c) Se dirija contra actos que reconozcan o nieguen total o parcialmente prestaciones periódicas. Sin embargo, no habrá lugar a recuperar las prestaciones pagadas a particulares de buena fe; (…) 2. En los siguientes términos, so pena de que opere la caducidad: d) Cuando se pretenda la nulidad y restablecimiento del derecho, la demanda deberá presentarse dentro del término de cuatro (4) meses contados a partir del día siguiente al de la comunicación, notificación, ejecución o publicación del acto administrativo, según el caso, salvo las excepciones establecidas en otras disposiciones legales.
(…)”. El presente asunto versa sobre el reconocimiento y pago de una prestación social que tiene la connotación de prestación periódica como quiera que el convocado Héctor Julio Fierro Morales se encuentra vinculado a la entidad. 2.3. El acuerdo no debe contrariar la ley ni resultar lesivo para el patrimonio público 2.3.1. De la bonificación de dirección En desarrollo de las facultades señaladas en la Ley 4 de 1992 el Gobierno nacional expidió el Decreto 3150 del 8 de septiembre de 2005 a través del cual creó la bonificación de dirección para algunos funcionarios que cumplen funciones de alta dirección de ciertas entidades de la Rama Ejecutiva, así: Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 15 “Artículo 1°.
Modificado por el Decreto Nacional 2480 de 2008. Créase para los Ministros, Directores de Departamento Administrativo; Viceministros; Subdirectores de Departamento Administrativo; Alto Comisionado en la Consejería Presidencial para la Paz; Alto Consejero Presidencial; Secretario Privado de la Presidencia de la República; Secretarios de la Presidencia de la República;
Consejero Presidencial; Director de Programa Presidencial; Asesores Grados 48 y 47 de la Presidencia de la República; Secretarios Generales de Ministerios y Departamentos Administrativos; Directores Administrativo o Financiero o Técnico u Operativo de Ministerio y Departamento Administrativo; Directores, Gerentes o Presidentes de Establecimientos Públicos;
Director de la Unidad Administrativa Especial de la Aeronáutica Civil; Director de la Unidad Administrativa Especial de Impuestos y Aduanas Nacionales, y Directores de Unidades Administrativas Especiales con Personería Jurídica, con excepción del Director de la Agencia Nacional de Hidrocarburos, como prestación social, una bonificación de dirección equivalente a cuatro (4) veces la remuneración mensual compuesta por la asignación básica más gastos de representación, pagadera en dos contados iguales en fechas treinta (30) de junio y treinta (30) de diciembre del respectivo año. (…)” La norma fue modificada por el Decreto 2480 del 8 de julio de 2008 solo respecto del sentido en el cual se deben realizar los pagos de la referida bonificación de dirección. Posteriormente, el Gobierno nacional a través del Decreto 2699 del 21 de diciembre de 2012 compiló las disposiciones normativas respecto de la bonificación de dirección, al respecto decreto lo siguiente: Artículo 1°.
La Bonificación de Dirección creada mediante el Decreto número 3150 de 2005 se reconocerá y pagará a los Ministros, Directores de Departamento Administrativo, Viceministros, Subdirectores de Departamento Administrativo: Alto Comisionado en la Consejería Presidencial para la Paz, Ministro Consejero, Alto Consejero Presidencial, Secretario Privado de la Presidencia de la República, Secretarios de la Presidencia de la República, Consejero Presidencial, Director de Programa Presidencial, Consejero Auxiliar 1125, Subdirector General, Subdirector de Operaciones, Alto Asesor de Seguridad Nacional, Director de Programa Presidencial “Colombia Joven”, Jefes de Oficina, Jefes de Área y Asesores Grados 13 y 14 de la Presidencia de la República;
Secretarios Generales de Ministerios y Departamentos Administrativos, Directores Administrativo o Financiero o Técnico u Operativo de Ministerio y Departamento Administrativo, Directores, Gerentes o Presidentes de Establecimientos Públicos, Director de la Unidad Administrativa Especial de la Aeronáutica Civil, Director de la Unidad Administrativa Especial de Impuestos y Aduanas Nacionales, Directores de Unidades Administrativas Especiales con Personería Jurídica, el Oficial de las Fuerzas Militares o de la Policía Nacional destinado en Comisión para desempeñar las funciones de Jefe de la Casa Militar, Presidente del Instituto Colombiano de Crédito Educativo y Estudios Técnicos en el Exterior Mariano Ospina Pérez (Icetex), Director General del Instituto Colombiano para la Evaluación de la Educación (Icfes), Gerente General de la Sociedad Hotel San Diego S. A. – Hotel Tequendama, Gerente de la Industria Militar (Indumil), Gerente de la Caja Promotora de Vivienda Militar, Presidente del Servicio Aéreo a Territorios Nacionales (Satena), Gerente de la Corporación de la Industria Aeronáutica Colombiana (CIAC), Director General de la Caja de Previsión Social de Comunicaciones (Caprecom), Comisionado de la Comisión Nacional del Servicio Civil (CNSC), Secretarios Generales del Senado de la República y Cámara de Representantes Grado 14, Subsecretarios Generales Grado 12, Secretarios de las Comisiones Constitucionales y legales Permanentes Grado 12 y Subsecretarios de las Comisiones Constitucionales y Legales Permanentes de ambas Corporaciones y Subsecretarios Auxiliares de ambas Corporaciones.
Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 16 Las normas transcritas coinciden en enlistar taxativamente los organismos y entidades beneficiarios de la referida bonificación, impidiendo interpretaciones o extensiones de la norma. Así fue dispuesto por la norma al indicar en su artículo 2 cuando indicó “Ninguna autoridad podrá establecer o modificar el régimen salarial establecido en el presente decreto, en concordancia con lo establecido en los artículos 10 y 12 de la Ley 4ª de 1992.
Cualquier disposición en contrario carecerá de efectos y no creará derechos adquiridos”. 2.3.2. De la naturaleza jurídica del Servicio Geológico Colombiano A través del Decreto 4131 del 3 de noviembre de 2011 el Gobierno nacional modificó la naturaleza jurídica del Instituto Colombiano de Geológica y Minería (INGEOMINAS) que inicialmente fue concebido como un establecimiento público de la Rama Ejecutiva del orden nacional para pasar a ser un Instituto Científico y Técnico, así: “Artículo 1°.
Naturaleza y denominación. Cámbiese la naturaleza jurídica del Instituto Colombiano de Geología y Minería (Ingeominas) de establecimiento público a Instituto Científico y Técnico, con personería jurídica, autonomía administrativa, técnica, financiera y patrimonio independiente, que se denominará Servicio Geológico Colombiano, adscrito al Ministerio de Minas y Energía, el cual hará parte del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SNCTI).” 3.
De la aprobación del acuerdo conciliatorio Ahora bien, con el fin de establecer si el acuerdo conciliatorio se ciñó bajo los presupuestos normativos en comento, procede la Sala a verificar el acuerdo conciliatorio. Como se ha referido a lo largo de la decisión, el Servicio Geológico Colombiano pretende reconocer a favor del señor Héctor Julio Fierro Morales el pago de la bonificación de dirección establecida en el Decreto 3150 de 2005 que le venía siendo cancelada y que le fuera suspendida para el pago de diciembre de 2024.
Como se ha mencionado, la bonificación de dirección fue creada para empleos que cumplen funciones de alta dirección en la Rama Ejecutiva del orden nacional y de asesoría en la Presidencia de la República, enlistando taxativamente los organismos y entidades beneficiarias. Revisado detenidamente el artículo 1 del Decreto 2699 de 2012 que modificó el Decreto 3150 de 2005 no se encuentran enlistados los institutos científicos y tecnológicos entidad descentralizada por servicios según el literal e) del numeral segundo del artículo 38 de la Ley 489 de 1998.
Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 17 En ese orden de ideas, el director general del Servicio Geológico Colombiano no puede ser beneficiario del pago de la bonificación de dirección, como quiera que no se encuentra en el listado de las entidades y organismos beneficiarios de dicha prestación. Es decir, la situación fáctica planteada por el Servicio Geológico Nacional no se encuentra descrita en la norma que concede el derecho que se pretende reconocer.
Ahora, la Sala no pasa por alto el concepto del Ministerio de Hacienda y Crédito Público allegado por la entidad según el cual pese a la naturaleza jurídica y su clasificación la entidad “para efectos presupuestales se rige por las disposiciones presupuestales aplicables a los Establecimientos Públicos, como quiera que su patrimonio está constituido por fondos públicos que la Constitución Política denomina el Tesoro Público, entre los que destacan, los aportes que realiza el Presupuesto General de la Nación”, actuación que en concepto de la entidad respalda el acuerdo conciliatorio sometido a aprobación. Pese a lo anterior, la Sala de Consulta y Servicio Civil del Consejo de Estado el 9 de julio de 2025 dentro del radicado 11001030600020240012500 emitió concepto sobre el reconocimiento y pago de la “Prima Técnica Automática y la Bonificación de Dirección a los directores de los institutos científicos y Tecnológicos”, sobre la bonificación de dirección de relevancia refirió lo siguiente: “3.
Bonificación de Dirección: Regulación y alcance Mediante Decreto 3150 de 2005 y en desarrollo de las normas generales señaladas en la Ley 4ª de 1992, el presidente de la República creó la bonificación de dirección para determinados empleados que cumplen funciones de alta dirección em la Rama Ejecutiva. En efecto, de conformidad con lo previsto por el artículo 1º del Decreto 3150 de 2005, la referida prestación15 tenía un alcance circunscrito al siguiente círculo de funcionarios: (…) Como se deduce de la redacción clara de la norma, la intención del Gobierno nacional, en ejercicio legítimo de su facultad de determinar los salarios y prestaciones de los empleados públicos del nivel nacional, teniendo en cuenta la naturaleza de las distintas entidades, sus estructuras y funciones, fue crear la referida prestación para algunos funcionarios que cumplen actividades de alta dirección de la Rama Ejecutiva y no para todos los cargos directivos.
De ahí que haya utilizado una enunciación taxativa de los funcionarios beneficiarios de esta prestación y no se haya referido de manera general a la categoría de funcionarios de la Rama Ejecutiva que ejerzan cargos de naturaleza directiva, citando a título enunciativo los previstos en la norma. De manera adicional, el artículo 2 del Decreto 3150 de 2005 señala: Artículo 2º.
Ninguna autoridad podrá establecer o modificar el régimen salarial establecido en el presente decreto, en concordancia con lo establecido en los artículos 10 y 12 de la Ley 4ª de 1992. Cualquier disposición en contrario carecerá de efectos y no creará derechos adquiridos. De esta manera, se evidencia que el Gobierno nacional decidió circunscribir los funcionarios beneficiarios de la bonificación de dirección a los funcionarios previstos y señalados en la norma.
Por lo tanto, no le es permitido al intérprete, bajo el manto de una posible analogía de los cargos que ocupan otros funcionarios del nivel directivo, extenderle la referida prestación. Ahora, el Decreto Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 18 3150 de 2005 fue modificado por el Decreto 2480 de 2008, en el sentido de estipular que los dos contados de la bonificación de dirección se pagarían en junio y diciembre del respectivo año. Sin embargo, la norma no alteró el listado de funcionarios beneficiarios de la referida bonificación. Posteriormente, las normas del Decreto 3150 de 2005 fueron compiladas por el Decreto 2699 de 2012, el cual derogó además el Decreto 2480 de 2008.
En los considerandos de este decreto se indica lo siguiente: Que el Decreto número 3150 de 2005 creó una bonificación de dirección para empleos que cumplen funciones de alta dirección en la Rama Ejecutiva del orden nacional y de asesoría en la Presidencia de la República. [Resaltado fuera del texto] Como se deduce de los apartes resaltados, este considerando hace referencia a la creación, mediante el Decreto 3150 de 2005, de la bonificación de dirección para «algunos» empleos y no para «todos los empleos» de la Rama Ejecutiva.
En concordancia con lo anterior, el artículo 1º del Decreto 2699 de 2012 utilizó la misma fórmula del Decreto 3150 de 2005, en el sentido de enunciar expresamente los funcionarios que tienen derecho al reconocimiento de la bonificación, sin ninguna expresión adicional de la que pudiera deducirse que el listado de funcionarios es enunciativo y no taxativo.
(…) En virtud de lo expuesto, la Sala concluye que la Bonificación de Dirección es una prestación reconocida para empleos que cumplen funciones de alta dirección en la Rama Ejecutiva del orden nacional y de asesoría a la Presidencia de la República, pero solo para los establecidos taxativamente en el artículo 1° del Decreto 2699 de 2012, dentro de los cuales se encuentran los presidentes o directores generales de establecimientos públicos, pero no los jefes o directores de los institutos científicos y tecnológicos.
Así lo confirma el artículo 2 transcrito, conforme con el cual ninguna autoridad podrá establecer o modificar la bonificación regulada por el citado decreto. 4. Naturaleza y régimen jurídico de los Institutos Científicos y Tecnológicos (…) En relación con otras entidades, como las empresas sociales del Estado, las empresas de servicios Públicos o las empresas industriales y comerciales del Estado, el legislador solo hizo referencia a las normas especiales que regulan dichas entidades y a la misma Ley 489 de 1998.
Se desprende entonces que, a diferencia de lo considerado por el ministerio en su escrito de consulta, el régimen jurídico de los establecimientos públicos no se extiende por regla general a los institutos científicos y tecnológicos, a pesar de tratarse ambos de entidades descentralizadas por servicios. Conforme lo dispuesto en el inciso segundo del artículo 68 de la Ley 489 de 1998, los institutos científicos y tecnológicos se rigen por la Constitución Política, las leyes que los creen y la Legislación de Ciencia y Tecnología. Esto, sin perjuicio de normas especiales previstas por el legislador para materias específicas.
(…) Asimismo, la Sala concluye que la bonificación de dirección es una prestación reconocida para empleos que cumplen funciones de alta dirección en la Rama Ejecutiva del orden nacional y de asesoría a la Presidencia de la República, pero solo para los establecidos taxativamente en el artículo 1° del Decreto 2699 de 2012, dentro de los cuales no se encuentran los jefes o directores de los institutos científicos y tecnológicos.
Por lo tanto, estos no son actualmente beneficiarios de esta prestación social. (…)” En consideración a lo anterior, encuentra la Sala que el acuerdo logrado entre el Servicio Geológico Colombiano y el señor Héctor Julio Fierro Morales ante el Ministerio Público contraría la ley y resulta lesivo para el patrimonio público, comoquiera que se trata de ordenar el pago de una prestación que de conformidad con el estudio efectuado no puede ser reconocida al director general de ningún instituto científico y tecnológico.
Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 19 Sobre este aspecto, precisa la Sala que la entidad a través del memorando suscrito por el jefe de la Oficina Asesora Jurídica del Servicio Geológico Colombiano en el cual se emitió concepto jurídico respecto al pago de la bonificación de dirección24, se precisó de relevancia lo siguiente: “ Para finalizar, sin perjuicio del análisis efectuado en el presente documento, como es de su conocimiento cursa ante la Sala de Consulta y Servicio del Consejo de Estado, solicitud de concepto elevado por la Cartera de Minas y Energía por este interrogante ante Consejo de Estado, Sala de Consulta y Servicio Civil, radicado en el Despacho de la Consejera de Estado María del Pilar Bahamón Falla, bajo el número 2025-00036-00, por lo que será el ordenador de gasto (delegada) quien determine si aguarda el pronunciamiento que sobre el particular profiera el máximo órgano de consulta del Gobierno Nacional.” Con fundamento en lo expuesto, concluye esta Sala que la conciliación extrajudicial verificada ante la Procuraduría 17 Judicial II para Asuntos Administrativos el 30 de julio de 2025, respecto del Servicio Geológico Colombiano y el señor Héctor Julio Fierro Morales no cumple con los requisitos necesarios para su aprobación, pues como quedó anotado, lo acordado resulta lesivo para el patrimonio público, razón por la cual, se confirmará el auto de 2 de septiembre de 2025 a. través del cual se improbó el acuerdo conciliatorio.
En mérito de lo expuesto, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca Sección Segunda – Subsección “E”, administrando justicia en nombre de la República de Colombia y por autoridad de la Ley,
RESUELVE
Primero: Confirmar el auto dictado el 2 de septiembre de 2025 por el Juzgado Diecisiete Administrativo del Circuito Judicial de Bogotá, por las razones expuestas. Segundo: Por secretaría, remítase el expediente al Juzgado de origen. La anterior decisión fue estudiada y aprobada en sesión de la fecha25. Notifíquese y cúmplase 24 4ED_Expediente_03DemandaPruebaAnexo(.zip) NroActua 2;
ANEXOS04082025_091144. Pág. 45 a 55. 25 Nota: Se deja constancia que esta providencia fue aprobada por la Sala en la fecha de su encabezado y que se suscribe en forma electrónica mediante el aplicativo “SAMAI” del Tribunal Administrativo de Cundinamarca, de manera que, el certificado digital que arroja el sistema permite validar su integridad y autenticidad en el siguiente enlace: http://samairj.consejodeestado.gov.co/Vistas/documentos/evalidador Expediente: 11001-33-35-016-2025-00296-01 20 Ramiro Ignacio Dueñas Rugnon Magistrado – Firma electrónica Patricia Victoria Manjarrés Bravo Magistrada – Firma electrónica Diego Alejandro Baracaldo Amaya Magistrado – Firma electrónica