Tribunal Administrativo del Caquetá Sala Primera de Decisión Magistrada Ponente: Edith Alarcón Bernal Florencia, dieciséis (16) de febrero de dos mil veintiséis (2026) Referencia: SENTENCIA DE SEGUNDA INSTANCIA Acción: Tutela Radicado: 180013333006-2025-00183-01 Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandados: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Sala de discusión: 7 de la fecha.
Enlace del proceso: expediente en SAMAI. Se decide la impugnación interpuesta por la accionante Marienela Cabrera Mosquera contra el fallo del 15 de diciembre de 2025, proferido por el Juzgado Sexto Administrativo de Florencia, que negó el amparo de los derechos fundamentales invocados. 1.
ANTECEDENTES 1.1. La demanda Marienela Cabrera Mosquera interpuso acción de tutela en contra de la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial – Neiva y de Positiva ARL, por la presunta vulneración de su derecho fundamental de a la seguridad social, a la salud y al debido proceso administrativo. 1.1.1. Hechos y pretensiones Además del amparo de los derechos fundamentales invocados, la accionante solicitó de forma principal que “Se ordene a la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial de Neiva Huila, que, conforme a las normas vigentes realice el pago oportuno de la incapacidad laboral correspondiente a 15 días, de acuerdo al monto establecido en el artículo 3 de la Ley 776 de 2002, mientras la ARL POSITIVA realiza el respectivo reconocimiento y pago de la prestación económica”.
Como medida provisional, solicitó que se ordene a la Coordinación Administrativa de Florencia - Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial, “presentar de manera inmediata y formal ante la ARL Positiva la documentación completa y necesaria para el cobro y reconocimiento de la incapacidad médica, sin exigir requisitos adicionales a los establecidos en la ley y sin precalificar el origen de la enfermedad”. 1.
Señaló que es la Jueza Cuarta Penal del Circuito de Florencia, titular de una pensión de sobrevivientes reconocida por el Ejército Nacional y que se encuentra afiliada al subsistema de salud de las Fuerzas Militares. Adujo que desde la Rama Judicial le informaron que al estar vinculada al régimen especial de las Fuerzas Militares no puede tener una doble afiliación a EPS Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 2 de 14 en el régimen contributivo y que, por ello, los aportes de seguridad social en salud se consignan directamente al ADRES. 2.
Afirmó que, el 28 de noviembre de 2025, a causa de depresión y ansiedad ocasionada por estrés laboral, ingresó al servicio de urgencias del Hospital María Inmaculada, en donde, luego de la valoración y atención médica, se le otorgó una incapacidad laboral por 15 días. Transcribió el diagnóstico, anamnesis, análisis y plan. 3. Manifestó que, el 28 de noviembre del mismo año, remitió dicha incapacidad al Tribunal Superior de Florencia y a la oficina de talento humano de la Coordinación Administrativa de Florencia - Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial.
Dijo que mediante Resolución de Sala de Gobierno No. 058, el Tribunal en mención le concedió licencia remunerada por incapacidad médica por el término de 15 días que transcurrieron desde el 28 de noviembre al 12 de diciembre de 2025. 4. Expresó que fue contactada por una funcionaria de la Coordinación Administrativa de Florencia - Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial, quien le indicó que se había presentado la incapacidad laboral ante el Dispensario Médico del Batallón para proceder al cobro dado el origen común de la enfermedad.
Según la accionante, le manifestaron que “(…) si bien la incapacidad tiene relación con el contexto laboral, al no tener un concepto previo de la ARL, no se podía gestionar el cobro ante Positiva ARL (…)”. En criterio de la accionante, esta actuación desconoce el derecho fundamental a la seguridad social y al debido proceso administrativo, pues la única condición para el reconocimiento de la incapacidad por enfermedad laboral es estar afiliado a una ARL en el momento de la ocurrencia del accidente, conforme el artículo 1 de la Ley 776 de 2002.
Adujo que la exigencia de un concepto previo por parte de la ARL no tiene fundamento, pues el trámite de reconocimiento y pago de las prestaciones se activa solamente con la primera incapacidad. Manifestó que exigir un concepto previo es imponer una condición imposible de cumplir, pues no puede existir una calificación anticipada de una enfermedad que se presenta por primera vez, razón por la cual le corresponde a la ARL determinar, de forma posterior, el origen a la enfermedad. 1.2.
Contestación 1.2.1. Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial de Neiva – Huila La Dirección Ejecutiva sostuvo que tramitó la incapacidad conforme al certificado médico emitido el 28 de noviembre de 2025, el cual calificó de manera expresa el presunto origen como común y la causa externa como enfermedad general. En consecuencia, señaló que reconoció la licencia remunerada mediante la Resolución 058 del 1 de diciembre de 2025 y notificó la incapacidad al Subsistema de Salud de las FF.MM. para su transcripción, tal como exige la Ley 100 de 1993 y el Decreto 780 de 2016.
La entidad argumentó que, conforme al certificado médico, la competencia económica recaía en la ADRES, pues solo las incapacidades derivadas de riesgos laborales pueden ser enviadas a la ARL para su reconocimiento. Indicó además que Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 3 de 14 no tenía facultad para alterar el origen consignado por el médico tratante ni para precalificar el origen laboral.
Sostuvo que la remisión a la ARL solo procedía cuando existía calificación formal del origen laboral por el médico tratante, EPS, ARL o Junta de Calificación de Invalidez, conforme al Decreto Ley 1295 de 1994, Ley 1562 de 2012 y Decretos 1072, 1477 y 1507 de 2014. Por ello, afirmó que era improcedente remitir una incapacidad cuyo origen se determinó como común. 1.2.2.
Positiva ARL La ARL expuso que, tras verificar los sistemas de información, la señora Cabrera Mosquera registraba afiliación activa al Sistema General de Riesgos Laborales. La entidad señaló que, revisados los módulos de información no se encontró reporte alguno de accidente de trabajo ni enfermedad laboral presentada por la accionante.
Manifestó que no existían patologías laborales reportadas, ya fueran directas o trasladadas de otra entidad del sistema, lo que implicaba que no había proceso de calificación de origen iniciado por EPS u otra entidad. Conforme a ello, explicó que la EPS debía calificar en primera oportunidad cualquier patología y notificar a las partes, lo cual no había ocurrido.
Argumentó que, conforme al artículo 12 del Decreto 1295 de 1994, toda enfermedad no calificada como laboral debía presumirse de origen común. En consecuencia, sostuvo que la atención y las prestaciones económicas debían ser asumidas por la EPS y no por la ARL, hasta tanto no existiera una calificación formal que indicara lo contrario.
Sustentó su postura en sentencias T742 de 2004, T142 de 2008 y T1083 de 2007.-742 de 2004, T-142 de 2008 y T-1083 de 2007. Agrego, que el sistema de riesgos laborales tenía naturaleza restrictiva y aplicaba únicamente frente a eventos de origen profesional. En ese sentido, afirmó que cualquier atención o prestación derivada de patologías de origen común correspondía a la EPS, la cual era el primer respondiente del sistema.
Sólo una vez existiera una calificación de origen laboral habría competencia de la ARL para intervenir. Finalmente sostuvo que las peticiones de la actora —relacionadas con el pago de incapacidades— estaban dirigidas y debían ser resueltas exclusivamente por la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial de Neiva y la Coordinación Administrativa de Florencia, entidades empleadoras y responsables del trámite.
Según la contestación, se indica que la ARL no tenía competencia ni legitimación para resolver tales solicitudes. 1.3. Sentencia de primera instancia El 15 de diciembre de 2025, el Juzgado Sexto Administrativo de Florencia negó el amparo de los derechos fundamentales invocados por Marienela Cabrera Mosquera. El juzgado consideró que la determinación del origen de la incapacidad correspondía al médico tratante, quien en este caso calificó expresamente la incapacidad como de origen común, señalando “presunto origen común” y “enfermedad general”.
En consecuencia, el trámite y reconocimiento de la Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 4 de 14 prestación económica recaían sobre la EPS del Subsistema de Salud de las Fuerzas Militares y el ADRES, y no sobre la ARL Positiva.
El a quo sostuvo que el empleador actuó conforme a la normatividad vigente, dado que la remisión de la incapacidad al Dispensario Médico Militar era la actuación procedente frente a patologías calificadas como comunes. Señaló que solo cuando exista una calificación de origen laboral —emitida inicialmente por el médico tratante o posteriormente por EPS, ARL o Juntas de Calificación— surge la obligación del empleador de reportar el caso ante la ARL.
También resaltó que no existía fundamento legal ni fáctico que permitiera exigir a la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial que tramitara la incapacidad ante la ARL, pues, conforme al artículo 12 del Decreto 1295 de 1994, toda enfermedad no calificada o clasificada como laboral se presumía de origen común. Por ello, no era procedente ordenar a la entidad actuar como pretendía la accionante.
Concluyó que la actuación de la entidad empleadora no vulneró los derechos fundamentales de la funcionaria judicial, puesto que gestionó la incapacidad de acuerdo con la calificación médica y las reglas normativas sobre incapacidades comunes. No existió omisión en el trámite, ni desconocimiento del debido proceso administrativo, ni afectación al derecho a la seguridad social. 1.4.
La impugnación Inconforme con la decisión, la accionante presentó recurso de apelación. La accionante alegó que el fallo de primera instancia incurrió en un defecto fáctico al realizar una valoración incompleta y errónea del material probatorio, pues el juez otorgó prevalencia a una casilla del formato de incapacidad médica en lugar de analizar integralmente la historia clínica elaborada por el psiquiatra tratante.
Señaló que dicha historia contenía diagnósticos CIE10 relacionados con estrés y hostigamiento laboral, así como referencias a ideación suicida y anhedonia, elementos que fueron ignorados por el despacho. Como segundo argumento, sostuvo que la sentencia impugnada incurrió en un defecto sustantivo al aplicar de manera aislada el artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994 y omitir la integración normativa con la Ley 1562 de 2012, que regula el deber del empleador de reportar cualquier sospecha de enfermedad de origen laboral.
Indicó que el juez erró al afirmar que no debía tramitarse el reporte ante la ARL por no existir calificación previa de origen, cuando precisamente la entidad competente para realizar dicha calificación es la ARL. Según la recurrente, el fallo terminó avalando la omisión del empleador. Finalmente, argumentó que la decisión de primera instancia vulneró su derecho al acceso al sistema de seguridad social al crear una barrera administrativa que le impedía activar el procedimiento de calificación ante la ARL.
Explicó que, al no efectuarse el reporte, no existe concepto técnico que pueda ser controvertido, dejándola en un estado de indefensión y forzándola a soportar una calificación de “enfermedad común” sin que se surtiera el trámite legal correspondiente. 2. CONSIDERACIONES 2.1. Competencia de la Sala para resolver la impugnación Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 5 de 14 Esta Sala es competente para resolver la impugnación interpuesta, según los artículos 86, 116 - inciso 1 - de la Constitución Política; el artículo 35 del Decreto 2591 de 1991; el Decreto 1381 de 2000 y el Decreto 333 de 2021. 2.2.
Problema jurídico Corresponde a la Sala determinar si las accionadas vulneraron el derecho a la seguridad social y al debido proceso al no reportar ante la ARL una incapacidad por una presunta enfermedad laboral cuando la calificación inicial determinó que era de origen común. 2.3. Tesis de la Sala La Sala considera que la acción de tutela es improcedente cuando se cuestiona el origen asignado a una incapacidad médica (común o laboral) sin haber agotado previamente el procedimiento administrativo previsto para controvertir dicha calificación, pues el empleador no es quien define el origen y debe tramitar la incapacidad conforme con la calificación inicial realizada por la entidad que brindó la atención médica inicial. 2.4.
La acción de tutela El artículo 86 de la Constitución Política permite a todas aquellas personas que sientan amenazados o vulnerados sus derechos fundamentales por un acto de autoridad pública o aún de los particulares, en casos expresamente señalados por la Constitución y la ley, hacer efectiva la protección de sus derechos, acudiendo a la acción de tutela, siempre y cuando no existan en el ordenamiento jurídico otros medios de defensa judicial que garanticen su efectividad o satisfacción. En sentencia T-010 de 2017 la Corte Constitucional estableció que la acción de tutela es un mecanismo ágil y sumario para proteger los derechos fundamentales vulnerados o amenazados por autoridades o particulares.
Para su admisión se exige: (i) legitimación activa; (ii) legitimación pasiva; (iii) relevancia constitucional del caso; (iv) agotamiento de otros recursos judiciales, salvo perjuicio irremediable; y (v) afectación actual e inmediata de un derecho fundamental1. Revisada la solicitud de amparo, encuentra esta Corporación que los presupuestos se satisfacen en el presente asunto, ya que se constata: Legitimación por activa.
De conformidad con el artículo 10 del Decreto 2591 de 1991, está legitimada toda persona que considere amenazados o vulnerados sus derechos fundamentales para acudir directamente ante el juez constitucional, sin Se encuentra demostrada, toda vez que Marienela Cabrera Mosquera es la titular de los derechos fundamentales presuntamente vulnerados por la entidad accionada. 1 Corte Constitucional.
Sentencia T 010 de 2017. La acción de tutela es una herramienta procesal preferente, informal, sumaria y expedita que pretende el amparo de los derechos fundamentales de una persona que se ven vulnerados o amenazados por la acción u omisión de una autoridad pública o particular. No obstante, para que la solicitud de amparo proceda, se requiere el cumplimiento de los siguientes requisitos: (i) legitimación por activa;
(ii) legitimación por pasiva; (iii) trascendencia iusfundamental del asunto; (iv) agotamiento de los mecanismos judiciales disponibles, salvo la ocurrencia de un perjuicio irremediable (subsidiariedad); y (v) la evidente afectación actual de un derecho fundamental (inmediatez). Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 6 de 14 necesidad de apoderado judicial.
Legitimación por pasiva. De conformidad con el artículo 5 del Decreto 2591 de 1991, la tutela procede contra autoridades públicas cuando, mediante acción u omisión, vulneren o amenacen derechos fundamentales. Se encuentra acreditado, pues la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial – Neiva y de Positiva ARL cuentan con personería jurídica para actuar dentro del presente proceso constitucional.
Inmediatez. El requisito de inmediatez se encuentra cumplido, pues la acción de tutela fue presentada 03 de diciembre de 2025, es decir, cinco (5) días después de que se emitiera la incapacidad que dio origen a esta controversia. Subsidiariedad. El artículo 86 de la Constitución Política establece que la acción de tutela solo procede cuando el afectado no disponga de otro medio de defensa judicial eficaz para la protección inmediata del derecho invocado.
Sobre el mismo se hará referencia en la solución del caso concreto. Trascendencia iusfundamental del asunto. La controversia planteada involucra de manera directa la presunta vulneración de los derechos fundamentales a la seguridad social y el debido proceso administrativo. 2.5. Debido proceso administrativo El artículo 29 constitucional prevé que el debido proceso se aplicará a toda clase de actuaciones judiciales y administrativas.
La Corte Constitucional ha establecido que la garantía del debido proceso en las actuaciones administrativas “(…) garantiza el correcto y adecuado ejercicio de la función pública administrativa, (…) con el fin de evitar posibles actuaciones abusivas o arbitrarias por parte de la administración a través de la expedición de actos administrativos que resulten lesivos de derechos o contrarios a los principios del Estado de Derecho”.2 Mediante sentencia T-279 de 2023, por ejemplo, la Corte Constitucional reiteró la jurisprudencia constitucional sobre el contenido y alcance del debido proceso administrativo y el consecuente derecho de defensa y contradicción: 38.
Contenido y alcance del debido proceso administrativo. El debido proceso administrativo garantiza, entre otros, los siguientes derechos: (i) “ser oído durante toda la actuación”; (ii) la “notificación oportuna y de conformidad con la ley”; (iii) que “la actuación se surta sin dilaciones injustificadas”; (iv) que “se permita la participación en la actuación desde su inicio hasta su culminación”;
(v) que “la actuación se adelante por la autoridad competente y con el pleno respeto de las formas propias previstas en el ordenamiento”; (vi) “gozar de la presunción de inocencia”; (vii) el “ejercicio del derecho de defensa y contradicción”; (viii) “solicitar, aportar y controvertir 2 Sentencias C-980 de 2010, C-758 de 2013, C-034 de 2014, SU-772 de 2014 y T-543 de 2017.
Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 7 de 14 pruebas” e (ix) “impugnar las decisiones y promover la nulidad de aquellas obtenidas con violación al debido proceso”. A su vez, la Corte ha precisado que el debido proceso administrativo se concreta en tres subreglas, a saber, (i) el respeto por los principios reconocidos por el artículo 209 de la Constitución Política;
(ii) que “ninguna actuación del servidor público puede ser resultado de la arbitrariedad y, por último, (iii) el “deber que tiene toda autoridad administrativa de apreciar las pruebas conforme a los principios de legalidad y razonabilidad”. 39. Derecho de defensa y contradicción en el procedimiento administrativo. La Corte Constitucional ha resaltado que una de las garantías adscritas al derecho al debido proceso es el derecho de defensa y contradicción. Este derecho consiste en la garantía de toda persona “de ser oída, de hacer valer las propias razones y argumentos, de controvertir, contradecir y objetar las pruebas en contra y de solicitar la práctica y evaluación de las que se estiman favorables, así como ejercitar los recursos que le otorga la ley”.
Este derecho se satisface a la luz de dos garantías concretas: “en primer lugar el derecho de contradicción, y, en segundo lugar, el derecho a la defensa técnica”. Por último, la Sala reitera que “salvo cuando se advierta apartamiento de las reglas aplicables a la actuación administrativa de que se trata, no parece razonable considerar vulnerado el debido proceso por el solo hecho de que su resultado hubiere desfavorecido al interesado, pues no habría razón que permita suponer que ello es consecuencia de la vulneración de sus garantías procesales”.
En conclusión, el debido proceso administrativo exige que toda actuación de la administración respete las garantías básicas de defensa, contradicción, participación y valoración objetiva de las pruebas, evitando cualquier arbitrariedad y asegurando decisiones fundadas y transparentes; así, solo se configura una vulneración cuando se desconocen las reglas procedimentales aplicables, y no simplemente porque el resultado sea desfavorable para el interesado. 2.6.
Derecho fundamental a la seguridad social El derecho a la seguridad social, consagrado en el artículo 48 de la Constitución Política, posee un doble carácter: de un lado, constituye un servicio público de carácter obligatorio, sujeto a la dirección, coordinación y control del Estado, cuyo desarrollo corresponde al Legislador; de otro, se reconoce como derecho fundamental, estrechamente vinculado a la dignidad humana.
La jurisprudencia constitucional ha definido la seguridad social como el conjunto de medidas institucionales dirigidas a asegurar progresivamente a las personas y sus familias las condiciones necesarias frente a los riesgos sociales que puedan afectar su subsistencia digna. Este derecho se rige por los principios de eficiencia, universalidad, solidaridad, integralidad, unidad y participación.3 Finalmente, se destaca que el Legislador desarrolló este mandato constitucional mediante la Ley 100 de 1993, que creó el Sistema de Seguridad Social Integral, estructurado sobre cuatro componentes: pensiones, salud, riesgos laborales y servicios sociales complementarios, con la finalidad de promover el bienestar y mejorar la calidad de vida de la población. 2.7.
Incapacidades médicas en el Sistema General de Seguridad Social en Salud 3 Véase, entre otras, la sentencia T-139 de 2025. Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 8 de 14 El Sistema de General de Seguridad Social protege los derechos a la vida digna, el mínimo vital y la salud de las personas que, con ocasión de un accidente o enfermedad, de origen común o laboral, no se encuentran en condiciones de continuar con sus actividades laborales y que en consecuencia no pueden proveer el sostenimiento de su familia.
Según la jurisprudencia constitucional, el sistema pretende “garantizar que la persona afectada no interrumpa sus tratamientos médicos o que pueda percibir un sustento económico a título de incapacidad o de pensión de invalidez, cuando sea el caso. Tal hecho permite concluir que el Sistema de Seguridad Social está concebido como un engranaje en el cual se establece que ante una eventual contingencia exista una respuesta apropiada”.4 Mediante sentencia T-490 de 2025 – reiterada en sentencias T-265 de 2022 y T- 421 de 2023 – la Corte Constitucional definió unas reglas en materia de incapacidades médicas: “(a) El pago de las incapacidades sustituye el salario del trabajador, durante el tiempo que por razones médicas está impedido para desempeñar sus labores, cuando las incapacidades laborales son presumiblemente la única fuente de ingreso con que cuenta el trabajador para garantizarse su mínimo vital y el de su núcleo familiar;
(b) el pago de las incapacidades médicas constituye también una garantía del derecho a la salud del trabajador, pues coadyuva a que se recupere satisfactoriamente, sin tener que preocuparse por la reincorporación anticipada a sus actividades laborales, con el fin de obtener recursos para su sostenimiento y el de su familia; (c) Además, los principios de dignidad humana e igualdad exigen que se brinde un tratamiento especial al trabajador, quien debido a su enfermedad se encuentra en estado de debilidad manifiesta.” Por otro lado, la misma jurisprudencia constitucional ha distinguido sobre 3 tipos de incapacidades producto de enfermedades laborales o de origen común: “(i) temporal, cuando se presenta una imposibilidad transitoria de trabajar y aún no se han definido las consecuencias definitivas de una determinada patología;
(ii) permanente parcial, cuando se presenta un disminución parcial pero definitiva de la capacidad laboral, en un porcentaje igual o superior al 5%, pero inferior al 50%, y (iii) permanente (o invalidez), cuando el afiliado padece una disminución definitiva de su capacidad laboral superior al 50%”.5 De conformidad con el Decreto 2943 de 2013 – que modificó el parágrafo 1 del artículo 40 del Decreto 1406 de 1999 –: “PARÁGRAFO 1°.
En el Sistema General de Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente. En el Sistema General de Riesgos Laborales las Administradoras de Riesgos Laborales reconocerán las incapacidades temporales desde el día siguiente de ocurrido el accidente de trabajo o la enfermedad diagnosticada como laboral.
Lo anterior tanto en el sector público como en el privado.” 4 Corte Constitucional, sentencia T-876 de 2013 reiterada en sentencias T-200 de 2017, T-312 de 2018, T-161 de, T-194 de 2021, T-265 de 2022 y T-421 de 2023. 5 Corte Constitucional, sentencia T-421 de 2023. Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 9 de 14 El artículo 3 de la Ley 776 de 2002, por su parte, establece que quien “padece tal situación tiene derecho a recibir el 100% de su ingreso base de cotización, a manera de subsidio, desde el día del accidente o de iniciada la incapacidad por enfermedad profesional, y por un periodo de 180 días, que podrán ser prorrogados por igual lapso, en caso de ser necesaria dicha extensión para el tratamiento del trabajador o finalizar su rehabilitación. La norma indica también que, una vez cumplido lo anterior sin lograr la recuperación del afiliado, se deberá iniciar el proceso para calificar su pérdida de capacidad laboral y, hasta tanto no se determine el porcentaje correspondiente, la entidad debe seguir reconociendo el auxilio económico por incapacidad temporal.
Dicho pago, según el artículo en comento, será reconocido hasta el momento de su rehabilitación, readaptación o curación, o de la declaración de su incapacidad permanente parcial, invalidez o su muerte.”6 Por otro lado, el artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994, establece:
ARTICULO
12. ORIGEN DEL ACCIDENTE DE LA ENFERMEDAD Y LA MUERTE. Toda enfermedad o patología, accidente o muerte, que no hayan sido clasificados o calificados como de origen profesional, se consideran de origen común. La calificación del origen del accidente de trabajo o de la enfermedad profesional será calificado, en primera instancia por la institución prestadora de servicios de salud que atiende al afiliado.
El médico o la comisión laboral de la entidad administradora de riesgos profesionales determinará el origen, en segunda instancia. Cuando surjan discrepancias en el origen, estas serán resueltas por una junta integrada por representantes de las entidades administradoras, de salud y de riesgos profesionales. De persistir el desacuerdo, se seguirá el procedimiento previsto para las juntas de calificación de invalidez definido en los artículos 41 y siguientes de la Ley 100 de 1993 y sus reglamentos.
El parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012 establece:
PARÁGRAFO 3 o. El pago de la incapacidad temporal será asumido por las Entidades Promotoras de Salud, en caso de que la calificación de origen en la primera oportunidad sea común; o por la Administradora de Riesgos Laborales en caso de que la calificación del origen en primera oportunidad sea laboral y si existiese controversia continuarán cubriendo dicha incapacidad temporal de esta manera hasta que exista un dictamen en firme por parte de la Junta Regional o Nacional si se apela a esta, cuando el pago corresponda a la Administradora de Riesgos Laborales y esté en controversia, esta pagará el mismo porcentaje estipulado por la normatividad vigente para el régimen contributivo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, una vez el dictamen esté en firme podrán entre ellas realizarse los respectivos rembolsos y la ARP reconocerá al trabajador la diferencia en caso de que el dictamen en firme indique que correspondía a origen laboral.
(Subrayado y negrilla por la Sala). 2.8. Caso concreto 6 Corte Constitucional, sentencia T-291 de 2020. Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 10 de 14 Con base en lo aportado, están probados los siguientes hechos jurídicamente relevantes: - Según historia clínica, el 28 de noviembre Marienela Cabrera ingresó al servicio de urgencias del Hospital Departamental María Inmaculada E.S.E. Luego de recibir atención médica, se le otorgó incapacidad médica por 15 días y se señaló como diagnóstico principal: F321 Episodio Depresivo Moderado; y como diagnóstico relacionado: Z566 Otros problemas de tensión física o mental relacionados con el trabajo.
En la incapacidad se señaló la causa externa como “Enfermedad general” y el presunto origen como “Común”.7 - Mediante la Resolución 058 del 1 de diciembre de 2025, la Sala de Gobierno del Tribunal Superior del Distrito Judicial de Florencia le concedió licencia remunerada por incapacidad médica a la accionante por el término de 15 días, desde el 28 de noviembre hasta el 12 de diciembre de 2025.8 - Según informe de la Coordinación Administrativa de Florencia de la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial Neiva, contenido en oficio CAFLO25-1392 del 4 de diciembre de 2025, se notificó la incapacidad al Batallón de Apoyo y Servicios para el Combate No. 12 mediante oficio o CAFLO25-1374 del 1 de diciembre de 2025, para su respectiva transcripción. Según este informe, la misma información le fue notificada a la accionante.9 - En este mismo informe se señaló que “(…) no es pertinente la radicación ante la ARL, dado que, previo a ello, debe existir una calificación del origen que determine que la causa corresponde a un accidente de trabajo o una enfermedad laboral”.10 La actora considera que la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial Neiva vulneró sus derechos fundamentales al debido proceso administrativo, la seguridad social y la salud al tramitar su incapacidad ante la EPS considerando que era de origen común; en criterio de la accionante, la incapacidad debía tramitarse ante la ARL pues tenía un origen laboral.
Pues bien, esta Corporación encuentra que, de conformidad con el inciso 2 del artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994, la “calificación del origen del accidente de trabajo o de la enfermedad profesional será calificado, en primera instancia por la institución prestadora de servicios de salud que atiende al afiliado”. (Subrayado por la Sala).
En el caso concreto, la calificación inicial del origen de la enfermedad la realizó el médico del Hospital Departamental María Inmaculada E.S.E., quien atendió a la funcionaria. judicial, otorgó la incapacidad y determinó el presunto origen como común. Con base en esta calificación inicial, la Coordinación Administrativa de Florencia - Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial Neiva, en cumplimiento de lo dispuesto en el parágrafo 1 del artículo 40 del Decreto 1406 de 1999 – modificado por el Decreto 2943 de 2013 –, del artículo 121 del Decreto 019 de 2012 y del parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012, procedió a tramitar la incapacidad 7 Fls. 1-6, archivo 2 del “ExpedienteJuzgadoLaboral(.zip)”, índice 3, SAMAI, primera instancia. 8 Fls. 7-8, archivo 2 del “ExpedienteJuzgadoLaboral(.zip)”, índice 3, SAMAI, primera instancia. 9 Archivo 12, OneDrive, primera instancia. 10 Archivo 12, OneDrive, primera instancia. Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 11 de 14 ante la EPS de la jueza, pues cuando la enfermedad tiene origen común el pago de la incapacidad temporal debe ser asumido por esta entidad.
Esta actuación por parte de la accionada se sustenta, además, en la presunción de que trata el inciso 1 del mencionado artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994, que reza: “Toda enfermedad o patología, accidente o muerte, que no hayan sido clasificados o calificados como de origen profesional, se consideran de origen común”. Luego, hasta tanto no exista una calificación que determine el origen laboral de la enfermedad, la calificación que determinó su origen común se mantendrá incólume.
En este punto, es necesario resaltar que la calificación no la realiza el empleador, en este caso la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial Neiva, sino, como se evidenció, la institución prestadora de servicios de salud que presta la atención inicial, en este caso, el Hospital Departamental María Inmaculada E.S.E. y es con base en esta calificación inicial que el empleador tramita la incapacidad, bien sea a la EPS, cuando su origen es común, bien sea a la ARL, cuando su origen es laboral.
No es cierto, entonces, como lo afirma la señora Cabrera Mosquera que por el solo hecho de encontrarse afiliada al sistema de riesgos laborales deba tramitarse el cobro de las incapacidades a través de las ARL. Como se ha señalado, la ruta para el cobro de las incapacidades la determina el origen de la enfermedad, el cual, a su vez, se supedita a la calificación inicial que realiza la institución que prestó la atención. Téngase en cuenta, además, que, si el empleador tuviera libertad absoluta para escoger la ruta de cobro de la incapacidad, materialmente estaría reemplazando la calificación que, se ha dejado claro, corresponde a la institución que de forma inicial presta la atención médica.
Podría pensarse, como lo hace la accionante, que la calificación inicial sobre el origen de la enfermedad es absoluta. Esta hipótesis, sin embargo, no corresponde a la realidad jurídica. El parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012 y el artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994 contemplan la posibilidad de que se presenten controversias en relación con el origen de las enfermedades y establece el procedimiento para resolverlas.
El inciso 3 y siguientes de la última norma dispone: “El médico o la comisión laboral de la entidad administradora de riesgos profesionales determinará el origen, en segunda instancia. Cuando surjan discrepancias en el origen, estas serán resueltas por una junta integrada por representantes de las entidades administradoras, de salud y de riesgos profesionales.
De persistir el desacuerdo, se seguirá el procedimiento previsto para las juntas de calificación de invalidez definido en los artículos 41 y siguientes de la Ley 100 de 1993 y sus reglamentos.” En sentencia T-140 de 2016, la Corte Constitucional afirmó: A pesar de que es claro el régimen que regula el pago de incapacidades según el origen de la enfermedad, puede suceder que en un caso concreto existan posiciones encontradas entre las entidades del Sistema de Seguridad Social Integral en relación con el origen laboral o común de la enfermedad o el accidente y en consecuencia, sobre quién debe asumir las prestaciones económicas y asistenciales a las que tiene derecho el afiliado por la afectación de su salud.
En todo caso, para evitar que el afiliado se vea afectado por las discusiones que se generan al interior del sistema sobre Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 12 de 14 el sujeto responsable, el ordenamiento jurídico ha dispuesto un procedimiento para determinar el origen de las contingencias, así como las reglas aplicables a las disputas entre las entidades por este motivo, asignando en todo caso, un responsable provisional mientras se llega a una decisión en firme por parte de las autoridades en la materia.
(…) En este orden de ideas, se tiene que la calificación del origen de la enfermedad corresponde, en un primer momento, a las entidades del Sistema de Seguridad Social Integral, con todas las consecuencias que esto acarrea en relación con la determinación del régimen aplicable al caso concreto y la consecuente identificación de los sujetos encargados de responder por las prestaciones garantizadas en el sistema.
No obstante, cuando las mismas no se ponen de acuerdo en esta cuestión, la precitada norma dispone que deberá surtirse el trámite dispuesto en el artículo 41 de la Ley 100 de 1993 (…). (…) En este sentido, se tiene que la primera calificación del origen de la enfermedad o el accidente lo hacen las entidades del Sistema de Seguridad Social Integral de tal manera que si alguna de las partes afectadas por este dictamen, bien sea el afiliado, el empleador o las mismas entidades del sistema, no están conformes con el contenido del mismo, deberán manifestar su inconformidad ante la Junta Regional de Calificación de Invalidez en los términos establecidos por la mencionada norma.
En el caso de las incapacidades temporales, a pesar de que el primer dictamen se encuentre bajo revisión de alguna de las juntas de calificación, la entidad a la que le correspondió el pago de las prestaciones económicas en primera instancia deberá continuar sufragando el costo de las mismas. En este sentido, el parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012 dispone (…)”.
(Subrayado y negrillas por la Sala). Así las cosas, aunque la calificación inicial del origen de la enfermedad corresponde a la institución que atendió al afiliado, la normatividad prevé que, en segunda instancia, la comisión laboral de la entidad administradora de riesgos profesionales determinará el origen. En caso de que persista la controversia, será resuelta por una junta integrada por representantes de las entidades administradoras de salud y de riesgos profesionales, y, si aun así pervive el desacuerdo, deberá aplicarse el procedimiento establecido en el artículo 41 de la Ley 100 de 1993.
Las controversias que se presenten en relación con el origen de la enfermedad, de conformidad con el parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012, no tienen repercusiones sobre las prestaciones económicas de los afiliados, pues la entidad a la que le correspondió el pago en primera instancia deberá continuar sufragando el costo de estas.
Por otro lado, la manifestación de inconformidad le corresponde realizarla a la parte que se considere afectada, esto es, el afiliado, el empleador o las mismas entidades del sistema. Entonces, dada la inconformidad por parte de la accionante con la calificación inicial del origen de la enfermedad con base en la cual se le otorgó la incapacidad, correspondía a ella, y no al empleador, iniciar el trámite previsto en reiterado artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994.
En el caso concreto ello no ocurrió. La accionante, considerando de forma errada que el empleador debía tramitar la incapacidad ante la ARL – pese a que la calificación inicial determinó que era de origen común –, acudió directamente a la vía constitucional sin antes iniciar el trámite administrativo que aquí se ha reseñado. Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 13 de 14 En conclusión, este Tribunal encuentra que la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial Neiva actuó de conformidad con lo previsto en el parágrafo 1 del artículo 40 del Decreto 1406 de 1999 – modificado por el Decreto 2943 de 2013 –, del artículo 121 del Decreto 019 de 2012, del parágrafo 3 del artículo 5 de la Ley 1562 de 2012 y del inciso 1 del mencionado artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994.
En otras palabras, no ha incumplido con ninguna de las obligaciones que como empleador le imponen dichas normas. Respecto de la ARL Positiva, y con base en el material probatorio disponible, no se encuentra que haya ejecutado ninguna actuación que por acción u omisión haya vulnerado los derechos fundamentales invocados por la accionante; por el contrario, solo tuvo conocimiento de estos hechos en el momento en que inició a ser parte del presente trámite constitucional.
Finalmente, teniendo en cuenta que en sede administrativa existe un mecanismo a través del cual se pueden resolver las controversias relacionadas con el origen de las enfermedades, que la señora Cabrera Mosquera no activó esa ruta y que el mecanismo es idóneo y eficaz; teniendo en cuenta, además, que no existe o puede ocurrir un perjuicio irremediable – pues la entidad a la que le correspondió el pago de las prestaciones económicas en primera instancia deberá continuar sufragando el costo de estas - la Sala encuentra que la presente acción constitucional no es procedente.
En consecuencia, se revocará la decisión de primera instancia, para, en su lugar, declarar la improcedencia. Por lo expuesto, el Tribunal Administrativo de Caquetá, Sala Primera de Decisión, administrando Justicia en nombre de la República y por autoridad de la Constitución, FALLA PRIMERO: REVOCAR el fallo del 15 de diciembre de 2025, proferido por el Juzgado Sexto Administrativo de Florencia y, en su lugar, DECLARAR IMPROCEDENTE la acción de tutela presentada por Marienela Cabrera Mosquera en contra de la Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial – Neiva y de Positiva ARL.
SEGUNDO: ADVERTIR a la accionante que, de persistir su inconformidad con el origen asignado a la enfermedad que causó la incapacidad, podrá activar el procedimiento establecido en el artículo 12 del Decreto Ley 1295 de 1994.
TERCERO: NOTIFICAR la presente providencia por el medio más expedito, conforme a lo dispuesto en el artículo 30 del Decreto 2591 de 1991.
CUARTO: Para su eventual revisión, ENVÍESE el expediente a la Corte Constitucional.
NOTIFÍQUESE Y CÚMPLASE, Las Magistradas, EDITH ALARCÓN BERNAL Asunto: Acción de Tutela – Segunda Instancia Demandante: Marienela Cabrera Mosquera Demandado: Dirección Ejecutiva Seccional de Administración Judicial y Otro Radicación 180013333006-2025-00183-01 14 de 14 ANGÉLICA MARÍA HERNÁNDEZ GUTIÉRREZ ANAMARÍA LOZADA VÁSQUEZ CONSTANCIA: La presente providencia fue firmada electrónicamente en la plataforma SAMAI.
En consecuencia, se garantiza la autenticidad, integridad, conservación y posterior consulta, de conformidad con el artículo 186 del CPACA. Puede validar la autenticidad del documento ingresando en el siguiente link: https://samairj.consejodeestado.gov.co/Vistas/documentos/evalidador.aspx donde deberá ingresar el código alfanumérico que aparece en el acto de notificación o comunicación.