El sistema presupuestal de los Fondos de Desarrollo Local está constituido por un Plan Financiero Plurianual, por un Plan Operativo Anual de Inversiones y por el Presupuesto Anual de las Localidades.
Del Plan Financiero Plurianual. Es una herramienta de planificación y gestión financiera de mediano plazo, que tiene como base las operaciones efectivas de los Fondos de Desarrollo Local. Para su elaboración se tomarán en consideración las proyecciones de ingresos, gastos, superávit o déficit y su financiación.
Del Plan Operativo Anual de Inversiones. Señalará los proyectos de inversión clasificados por sectores, entidades, prioridades y programas. Este plan guardará concordancia con el Plan de Inversiones establecido en el Plan de Desarrollo Local.
Del Presupuesto Anual. Es el instrumento para el cumplimiento de los planes y programas de desarrollo económico y social.