El Ministerio de Educación Nacional, para el cumplimiento de sus funciones cuenta con la siguiente estructura administrativa:
Unidades de dirección.
Despacho del Ministro
Despacho del Viceministro
Despacho del Secretario General
Despacho del Secretario Pedagógico
Unidades de asesoría y coordinación adscritas al Despacho del Ministro.
Oficina de Planeación del Sector Educativo.
Oficina de Relaciones Internacionales.
Consejo Superior del Sector Educativo y de Control de Calidad.
Comité Técnico Administrativo Interno.
Comité de Informática.
Unidades de asesoría y coordinación adscritas al Despacho del Viceministro.
Consejo Nacional de Prospectiva de Educación, Ciencia y Tecnología.
Unidades de asesoría, operación y coordinación adscritas al despacho del Secretario General.
Oficina Jurídica.
División Especial de Administración Interna Central. - Comité de Coordinación Regional.
Unidades Operativas adscritas al despacho del Secretario Pedagógico.
Dirección General del Currículo.
Dirección General del Desarrollo Pedagógico.
Dirección General de Educación de Adultos.
Unidades operativas adscritas al despacho del Secretario General.
Dirección General de Carrera Docente.
Dirección General de Ordenamiento y Coordinación Educativa Regional.
Dirección General de Construcciones Escolares.