Los Subdirectores de los Centros de Formación Profesional Integral del SENA son funcionarios de libre remoción por parte del Director General del SENA. En todo caso, su nombramiento deberá realizarse mediante un proceso de selección meritocrático, sujeto a veeduría ciudadana. Para tal fin deberá realizarse una selección de por lo menos tres (3) candidatos por cada Centro.
En los Departamentos de Caquetá, Casanare, Chocó, San Andrés y Sucre, los Directores Regionales dirigirán los Centros de Formación Profesional Integral y en los Departamentos de Amazonas, Arauca, Guainía, Guaviare, Putumayo, Vaupés y Vichada, el Subdirector de Centro ejercerá las funciones de Director Regional.
Transitoriamente, el Departamento de Guainía será atendido mediante un Programa o Centro Itinerante, coordinado desde la Dirección General del SENA.