Cada Alianza debe contar con mecanismos de seguimiento que permitan el cumplimiento de los acuerdos establecidos en el marco de la misma. El Ministerio del Interior, con el apoyo del Departamento Nacional de Planeación, preparará las metodologías de trabajo de las Alianzas para la Prosperidad.
En aquellos casos en que las empresas que desarrollen proyectos de exploración y explotación de recursos naturales, logren acuerdos con las comunidades de las zonas de influencia en materia ambiental, social o cultural y dichos compromisos queden plasmados en las licencias ambientales, su cumplimiento se sujetará a las disposiciones previstas en las normas que regulan el otorgamiento y seguimiento de dichas licencias, en concordancia con lo dispuesto en la Ley 99 de 1993 .
En el marco de las alianzas para la prosperidad, se deberá conformar un Comité de Verificación y Seguimiento, en el cual tendrán participación, por lo menos, dos integrantes de la comunidad y el agente del Ministerio Público del respectivo municipio, así como las autoridades que representen las entidades públicas y empresas que hagan parte de la Alianza para la Prosperidad. El informe de verificación y seguimiento que rinda este comité, será el documento que valide o no el cumplimiento de los acuerdos.