De la Subdirección de Aguas Continentales. Son funciones de la Subdirección de Aguas Continentales las siguientes
Preparar las pautas generales para el ordenamiento y el manejo de cuencas hidrográficas.
Proponer las pautas generales para regular las condiciones de conservación y manejo de ciénagas, pantanos, lagos, lagunas y demás ecosistemas hídricos continentales.
Coordinar de común acuerdo con el Ministerio de Agricultura y con base en la mejor evidencia científica e información estadística disponible, la elaboración de estudios para la fijación de las especies y los volúmenes de pesca susceptibles de ser aprovechados en las aguas continentales, con base en los cuales el INPA expedirá los correspondientes permisos de aprovechamiento.
Emitir concepto para la expedición de licencias ambientales en las áreas de su competencia.
Proponer criterios para formular las regulaciones de carácter general tendientes a reducir la contaminación hídrica en todo el territorio nacional y coordinar la expedición de las mismas con las demás entidades competentes cuando sea del caso.
Proponer criterios generales para la elaboración de proyectos a desarrollar por las Corporaciones Autónomas Regionales y las Entidades Territoriales en lo relacionado con las aguas continentales de conformidad con las políticas y criterios establecidos sobre la materia.
Las demás que por su naturaleza le sean asignadas.