Se dará protección a los ecosistemas de arrecifes de coral, manglares y praderas de pastos marinos de todas las zonas marinas de jurisdicción nacional definidos por el "Atlas de Áreas Coralinas de Colombia" y el "Atlas Las Praderas de Pastos Marinos en Colombia: estructura y distribución de un ecosistema estratégico", elaborados por el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras "José Benito Vives de Andreis".
En arrecifes de coral y manglares se prohíbe el desarrollo de actividades mineras, exploración, explotación de hidrocarburos, acuicultura, pesca industrial de arrastre y la extracción de componentes de corales para la elaboración de artesanías.
En pastos marinos, se podrá restringir parcial o totalmente el desarrollo de actividades mineras, de exploración y explotación de hidrocarburos, acuicultura y pesca industrial de arrastre con base en estudios técnicos, económicos, sociales y ambientales adoptados por el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial o quien haga sus veces. El Gobierno Nacional, dentro de los noventa (90) días calendario siguientes a la expedición de esta ley reglamentará los criterios y procedimientos para el efecto.
Los planes de manejo de las unidades ambientales costeras, deberán establecer pautas generales para la conservación y restauración, manejo integrado y uso sostenible de ecosistemas de arrecifes de coral. Para tal fin, corresponde a las Corporaciones Autónomas Regionales y de Desarrollo Sostenible de los departamentos costeros elaborar los planes de manejo costero de las Unidades Ambientales Costeras, en un término no mayor a dos (2) años contados a partir de la entrada en vigencia de esta ley, para lo cual, contarán con el apoyo técnico de los institutos de investigación. Los Planes deberán ser presentados al Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial para su aprobación mediante acto administrativo.