Mediante Acto Administrativo del jefe del órgano del Sistema, de la entidad pública designada como ejecutora de proyecto por los Órganos Colegiados de Administración y Decisión o de las Corporaciones Autónomas Regionales, y mediante Decreto del Gobernador o Alcalde para las entidades territoriales, se deben incorporar a sus presupuestos, los recursos que reciban por funcionamiento y para la ejecución de proyectos financiados con cargo al Sistema General de Regalías.
Dicha incorporación se adelantará en un capítulo independiente del presupuesto del respectivo órgano o entidad, una vez se asignen los recursos con cargo al porcentaje destinado para el funcionamiento del Sistema y cuando se acepte la designación como ejecutor de proyecto, designación que será adelantada por el Órgano Colegiado de Administración y Decisión.
Los ingresos y gastos incorporados en el capítulo independiente del presupuesto de cada órgano o entidad tendrán para todos los efectos fiscales, una vigencia igual a la del Presupuesto Bienal del Sistema General de Regalías.
El proceso de afectación de las apropiaciones incorporadas en los presupuestos de las entidades con base en el inciso anterior, será el que corresponda al régimen presupuestal de la respectiva entidad, salvo en lo relacionado con la vigencia de las apropiaciones que será igual a la del Presupuesto Bienal del Sistema General de Regalías.