La Agencia Nacional del Espectro contará con un Consejo Directivo, como instancia máxima para orientar sus acciones y hacer seguimiento al cumplimiento de sus fines. Dicho Consejo estará integrado por el Ministro de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones, quien lo presidirá, por el Viceministro, y por el Coordinador del Fondo de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones, o quien haga sus veces. Harán parte con voz pero sin voto, los Directores de la Agencia Nacional del Espectro y de la Dirección de Comunicaciones del Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones. El Consejo Directivo se reunirá ordinariamente seis (6) veces al año y extraordinariamente cuando lo cite su Presidente.
La Agencia Nacional del Espectro contará con un Director General quien representará legalmente a la misma. El Director General de la Agencia será a su vez el Secretario del Consejo Directivo.
El Consejo Directivo actuará como segunda instancia de las decisiones y actos administrativos proferidos por la Agencia Nacional del Espectro.