Son funciones del Gerente General del Instituto:
Ejecutar los acuerdos de la Junta Directiva;
Ejercer la administración del Instituto y fijar sistemas de funcionamiento;
Ejercer la representación del Instituto en todos los actos y contratos de éste;
Presentar al Ministerio de Agricultura, al Departamento Nacional de Planeación y a la Dirección General de Presupuesto el anteproyecto anual de presupuesto y los planes de inversión aprobados por la Junta Directiva;
Ejecutar el presupuesto anual del Instituto;
Autorizar gastos y celebrar actos y contrato hasta por la cuantía de cinco millones ($ 5.000.000) de pesos;
Nombrar, trasladar y remover libremente a los empleados del Instituto con sujeción a los procedimientos legales;
Resolver sobre permisos, licencias y comisiones, reconocer prestaciones sociales; autorizar vacaciones e, imponer, sanciones a los empleados del Instituto;
Establecer los sistemas de administración de personal y someter a la Junta Directiva, la creación, supresión y modificación de cargos y las remuneraciones correspondientes; todo de conformidad con las disposiciones legales vigentes sobre la materia;
Presentar a consideración de la Junta Directiva las adiciones, traslados o reformas que fuere necesario hacer al presupuesto del Instituto;
Presentar al Presidente de la República, a través del Ministro de Agricultura, y previo conocimiento de la Junta Directiva, un informe anual sobre las actividades del Instituto, así como los informes generales, particulares o periódicos que le sean solicitados. Rendir informes a la Oficina de. Planeamiento del Sector Agropecuario, en la forma en que ésta determine, sobre la ejecución de los programas del Instituto;
Constituir mandatarios o apoderados judiciales y extrajudiciales;
Promover el recaudo, de ingresos, ordenar los gastos y en general dirigir las operaciones propias del Instituto;
Conceder, suspender o cancelar licencias, registros, permisos de funcionamiento, comercialización, movilización, importación o exportación de animales, plantas, insumos, productos y subproductos agropecuarios lo mismo que imponer las sanciones y multas a que haya lugar conforme a las normas vigentes;
Delegar en los Subgerentes y Gerentes Regionales del Instituto las funciones de que tratan los literales b), e), f), g), h), 1), m) y n) de este artículo total o parcialmente;
Las demás que le señalen disposiciones legales y. la Junta Directiva y todas aquellas funciones que se relacionen con la organización y funcionamiento del Instituto y que no estén expresamente atribuidas a otra autoridad.