Cada núcleo de desarrollo educativo estará dirigido por un director de núcleo seleccionado mediante concurso entre docentes y directivos-docentes en servicio, de acuerdo con la reglamentación y metodología de la nuclearización educativa.
El cargo de Director de núcleo de desarrollo educativo dependerá nominal y administrativamente del Alcalde Municipal, una vez se haya entregado la administración del personal docente al respectivo municipio, técnica y pedagógicamente, continua dependiendo de la respectiva Secretaría Regional de Educación.
En aquellos municipios en donde no se efectúe la entrega de la administración del personal docente y administrativo a los Alcaldes según lo establecido en la Ley 29 de 1989 y sus normas reglamentarias, los Directores de Núcleo continuarán dependiendo nominal, administrativa, técnica y pedagógicamente de las respectivas Secretarías Regionales de Educación.