Las amnistías e indultos, y los tratamientos penales especiales, incluidos los diferenciados para agentes del Estado, son medidas del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición, cuyos fines esenciales son facilitar la terminación del conflicto armado interno, contribuir al logro de la paz estable y duradera con garantías de no repetición, adoptar decisiones que otorguen plena seguridad jurídica para todos y satisfacer los derechos de las víctimas. Por ello, los distintos componentes y medidas del Sistema Integral están interconectados a través de mecanismos, garantías, requisitos para acceder y mantener los tratamientos especiales de justicia en la Jurisdicción Especial para la Paz.
Se aplicará la totalidad de los principios contenidos en el acuerdo de creación de la Jurisdicción Especial para la Paz respecto de la amnistía, el indulto y otros mecanismos especiales de extinción de responsabilidades y sanciones penales principales y accesorias. Lo anterior se aplicará del mismo modo respecto de todas las sanciones administrativas o renuncia del Estado a la persecución penal. Los principios deberán ser aplicados de manera oportuna.