Secretaría General. Son funciones de la Secretaría General las siguientes:
1. Dirigir la ejecución de las políticas, planes, programas, procesos, actividades y demás acciones relacionadas con los asuntos administrativos, financieros, presupuestales, contables, de contratación pública y de servicios administrativos.
2. Dirigir, coordinar y ejecutar las actividades relacionadas con la planeación, organización, desarrollo, procesos y control del talento humano, así como de los asuntos administrativos relacionados.
3. Dirigir, coordinar, controlar el uso, administración, mantenimiento y custodia de los recursos físicos de la entidad.
4. Dirigir y coordinar las actividades propias de los procesos de contratación, en la entidad.
5. Dirigir, coordinar, controlar y evaluar el sistema de gestión documental y de archivo y correspondencia de la entidad.
6. Coordinar con las áreas competentes la elaboración y consolidación del anteproyecto de presupuesto y adelantar las acciones requeridas para su incorporación en el Presupuesto General de la Nación.
7. Administrar, coordinar y gestionar los bienes, servicios, y elementos de oficina y demás servicios administrativos necesarios para el funcionamiento normal del organismo, de conformidad con las disposiciones legales vigentes.
8. Coordinar el grupo encargado de las investigaciones de carácter disciplinario que se adelanten contra los servidores de la Agencia y resolverlas en primera instancia.
9. Tramitar las solicitudes de información, sugerencias y derechos de petición ante las dependencias del organismo.
10. Coordinar la realización de estudios sobre planta de personal y actualización de los manuales de funciones y de competencias laborales.
11. Coordinar las actividades relacionadas con la atención y servicio al ciudadano.
12. Coordinar la ejecución de sus funciones con las asignadas a las Direcciones Operativas a través de la Dirección General.
13. Apoyar el desarrollo y sostenimiento del sistema integrado de gestión institucional de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
14. Las demás que le sean asignadas de acuerdo con la naturaleza de la dependencia.