Son funciones de la Secretaria General, las siguientes:
1. Asistir al Presidente de la Agencia en la determinación de las políticas, objetivos y estrategias relacionados con la administración de la entidad.
2. Dirigir la ejecución de los programas y actividades relacionadas con los asuntos financieros y contables, servicios administrativos, gestión documental, correspondencia y notificaciones de la entidad.
3. Trazar las políticas y programas de administración de personal, bienestar social, selección, registro y control, capacitación, incentivos y desarrollo del talento humano y dirigir su gestión.
4. Impartir los lineamientos para mantener actualizado el manual de funciones, requisitos y competencias de la Agencia.
5. Dirigir y coordinar las acciones para el cumplimiento de las políticas, normas y las disposiciones que regulen los procedimientos y tramites de carácter administrativo y financiero de la Agencia.
6. Coordinar la elaboración y presentar al Ministerio de Hacienda y Crédito Público el Programa Anual de Caja de conformidad con las obligaciones adquiridas.
7. Dirigir la programación, elaboración y ejecución de los Planes de Contratación y de adquisición de Servicios y Obra Pública de la entidad, de manera articulada con los instrumentos de planeación y presupuesto.
8. Impartir las instrucciones para el seguimiento a la ejecución de los recursos asignados a los proyectos de inversión y para la formulación y seguimiento proyectos de funcionamiento de la Agencia.
9. Administrar los sistemas de información, equipos, redes y herramientas tecnológicas y brindar el soporte técnico para su funcionamiento adecuado funcionamiento, coordinando las acciones que resulten necesarios.
10. Preparar, en coordinación con la Oficina Planeación, el Anteproyecto Anual de Presupuesto, de acuerdo con las directrices que impartan el Ministerio de Hacienda y Crédito Público, el Departamento Nacional de Planeación y el Presidente de la Agencia de Desarrollo Rural, velando por su correcta y oportuna presentación.
11. Dirigir, coordinar, controlar y evaluar las actividades relacionadas con la adquisición, almacenamiento, custodia, distribución de bienes muebles e inmuebles necesarios para el normal funcionamiento de la Agencia, velando porque se cumplan las normas vigentes materias.
12. Consolidar los estados contables y ejecución del presupuesto, de la respectiva vigencia fiscal, para la rendición de la cuenta anual con destino a la Contraloría General de la República de acuerdo con los lineamientos impartidos por dicha entidad.
13. Apoyar la orientación, coordinación y el ejercicio del control administrativo de las dependencias de la entidad.
14. Dirigir y coordinar los estudios técnicos requeridos para modificar la estructura interna y la planta de personal de la Agencia.
15. Coordinar, gestionar y hacer seguimiento a la adecuada atención de las solicitudes, quejas, reclamos, y derechos de petición realizados por los ciudadanos.
16. Coordinar la función disciplinaria y aplicar el procedimiento con sujeción a lo establecido en la Ley 734 de 2002 o las normas que la modifiquen o sustituyan.
17. Proponer los lineamientos para la operación de las ventanillas de atención e información ciudadana en la Unidades Técnicas Territoriales, en las que la ciudadanía tenga acceso a orientación e información sobre los bienes y servicios ofrecidos por las entidades del sector Agropecuario, Pesquero y de Desarrollo Rural.
18. Apoyar el desarrollo y sostenimiento del Sistema Integrado de Gestión Institucional.
19. Las demás funciones asignadas que correspondan a la naturaleza de la dependencia.