El Fiscal General Penal Militar, para el cumplimiento de sus funciones, tiene las siguientes atribuciones:
Dirigir el Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar.
Crear los grupos de tareas especiales conforme lo regulado en este Código.
Coordinar las labores que desarrollen los Fiscales Penales Militares.
Diseñar mecanismos que hagan efectiva la protección de los Fiscales Penales Militares, Víctimas y testigos.
Reglamentar lo relacionado con el diseño, aplicación y control del sistema de cadena de custodia.
Asumir directamente las investigaciones y procesos, cualquiera sea el estado en que se encuentre, lo mismo que asignar y desplazar a los fiscales penales militares en las investigaciones y procesos, eventos en los cuales se procederá mediante orden motivada cuando se pueda ver afectada la imparcialidad o la independencia en desarrollo de su función o la seguridad del Fiscal Penal Militar.
Resolver los impedimentos y recusaciones que se susciten entre los Fiscales Penales Militares ante el Tribunal Superior Militar.
Las demás que señale la ley.