Son funciones de la Junta Directiva, las siguientes:
Formular la política general del Fondo y los planes y programas que, conforme a las reglas previstas por el Departamento Nacional de Planeación y el Ministerio de Hacienda deban proponerse para su incorporación a los planes sectoriales y a través de estos a los planes generales de desarrollo.
Adoptar los estatutos del Fondo de Bienestar Social de la Contraloría General de la República y cualquier reforma que a ellos se introduzca y someterlos a la aprobación del Contralor General.
Adoptar los reglamentos generales sobre prestación de servicios de salud, educación, vivienda y demás servicios, y sobre las condiciones y términos necesarios para el reconocimiento y efectividad de las cesantías de acuerdo con las normas legales y reglamentarias.
Aprobar el presupuesto anual de ingresos, inversiones y gastos.
Analizar, estudiar y aprobar los informes, balances y estados financieros del Fondo de Bienestar Social de la Contraloría General de la República.
Dirigir y controlar los planes de inversión de las reservas y su manejo financiero.
Autorizar las inversiones financieras que le permitan servir oportunamente los objetivos propios de la institución y le garanticen seguridad, rentabilidad y liquidez.
Autorizar los actos y contratos, en la cuantía que determinen los estatutos.
Delegar en el Director General algunas de sus funciones.
Aprobar o improbar las solicitudes de vivienda hechas por los funcionarios de la Contraloría General de la República.
Las demás que se relacionen con la organización y funcionamiento del Fondo de Bienestar Social de la Contraloría General de la República.