Para efectos del SIVJRNR, los marcos jurídicos de referencia incluyen principalmente el Derecho Internacional en materia de Derechos Humanos (DIDH) y el Derecho Internacional Humanitario (DIH). Las secciones del Tribunal para la Paz, las Salas y la Unidad de Investigación y Acusación, al adoptar sus resoluciones o sentencias harán una calificación jurídica propia del Sistema respecto a las conductas objeto del mismo, calificación que se basará en las normas de la parte general y especial del Código Penal Colombiano y/o en las Normas de Derecho Internacional en materia de Derechos Humanos (DIDH), Derecho Internacional Humanitario (DIH) o Derecho Penal Internacional (DPI), siempre con aplicación obligatoria del principio de favorabilidad.
La calificación resultante podrá ser diferente a la efectuada con anterioridad por las autoridades judiciales, disciplinarias o administrativas para la calificación de esas conductas, por entenderse aplicable como marco jurídico de referencia el Derecho Internacional.
Respecto del tratamiento a los miembros de la Fuerza Pública, se aplicarán las disposiciones contenidas en el Capítulo VII del Título transitorio creado mediante el Acto Legislativo número 01 de 2017.