La Subdirección de Investigación Científica tiene las siguientes funciones
Asesorar a la Dirección General en la formulación de planes, políticas y estrategias en las áreas de investigación, desarrollo y normalización de Medicina Legal.
Planear, dirigir y coordinar con la Fiscalía General de la Nación la realización de investigaciones en el campo forense, que lleven a la identificación de nuevas técnicas y procedimientos.
Fijar pautas para la realización de las peritaciones médico-legales y forenses e implantar normas para su permanente mejoramiento tanto al interior del Instituto, como por las personas naturales o jurídicas que transitoriamente ejerzan estas funciones y controlar su cumplimiento, lo cual hará en coordinación con la Fiscalía General de la Nación.
Establecer y mantener contacto con las Instituciones y Autoridades de Educación Superior del país, con el fin de acordar programas de formación, capacitación, actualización y especialización en el área de la Medicina Legal y Ciencias Forenses.
Dirigir y desarrollar los proyectos de adquisición e instalación de los equipos especializados que el Instituto requiera en materia de investigación científica, con sujeción a las normas que regulen el fomento de dicha investigación y el desarrollo tecnológico.
Organizar y controlar el manejo, actualización y divulgación de la información y documentación técnica y científica del Instituto.
Las demás funciones asignadas por el Director General que sean compatibles con la naturaleza de la dependencia.