Dirección General . Son funciones de la Dirección General de la AUNAP las siguientes:
1. Dirigir, orientar, coordinar, ejecutar y vigilar las funciones asignadas a la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP), con la asesoría del Consejo Técnico Asesor.
2. Dirigir y coordinar los procesos de planificación, fomento, regulación, administración, comercialización, control y vigilancia de la actividad de pesca y acuicultura en Colombia.
3. Dirigir la formulación de políticas y la elaboración del plan estratégico encaminado a dar cumplimiento a los objetivos, metas y proyectos en cumplimiento del objeto institucional.
4. Expedir los actos administrativos que se relacionen con la organización y funcionamiento, con el ejercicio de la autonomía administrativa, presupuestal y el cumplimiento de los objetivos y funciones de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
5. Proponer al Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural las modificaciones de la estructura organizacional y planta de personal de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
6. Dirigir los estudios e investigaciones que permitan establecer los criterios técnicos, económicos, sociales, jurídicos y ambientales que permitan reglamentar y controlar las actividades de pesca y acuicultura en Colombia.
7. Presentar recomendaciones al Ministro de Agricultura y Desarrollo Rural para la definición de políticas y estrategias sobre pesca y acuicultura.
8. Dirigir y promover la formulación de los planes, programas y proyectos por la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
9. Dirigir los procesos de asistencia técnica al sector público y privado, en desarrollo de su objeto institucional.
10. Ejercer el control interno de gestión de acuerdo con las disposiciones legales vigentes.
11. Coordinar la elaboración y presentación de los informes requeridos por los organismos de control correspondientes y demás entidades públicas según las normas legales vigentes.
12. Nombrar y remover el personal de la entidad, con excepción de los empleos cuya nominación esté atribuida a otra autoridad.
13. Ordenar los gastos y suscribir los contratos de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP), que se requieran para el cumplimiento de sus funciones con cargo al presupuesto asignado y con sujeción a lo dispuesto en la ley.
14. Representar, judicial y extrajudicialmente, a la entidad en los procesos y demás acciones legales que se instauren en su contra o que deba promover la Agencia, para lo cual podrá conferir poder o mandato.
15. Fijar la política de comunicaciones internas y externas, así como definir el plan estratégico de comunicaciones de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
16. Ejercer la función de control interno disciplinario interno en los términos de la Ley 734 de 2002.
17. Dirigir las actividades requeridas para el mantenimiento y mejora continua del Sistema de Gestión de Calidad, adoptado por la AUNAP en cumplimiento a lo señalado por la normatividad vigente.
18. Presentar el anteproyecto de presupuesto de funcionamiento e inversión al Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural, incluyendo los recursos del crédito público Interno y Externo que se contemplen para la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
19. Dirigir y coordinar la articulación funcional y operativa de las Direcciones Operativas de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
20. Fijar las políticas referentes a las relaciones y acciones internacionales de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP), dentro del marco de su objeto institucionales y las directrices de los Ministerios de Agricultura y Desarrollo Rural y de Relaciones Exteriores de Colombia.
21. Promover la coordinación de las actividades de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP) con las entidades u organismos públicos que tengan relación con el objeto institucional.
22. Implementar, mantener y mejorar el Sistema Integrado de Gestión Institucional de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca (AUNAP).
23. Las demás que le sean asignadas y que por su naturaleza, le correspondan.