Son funciones del Gerente General
Llevar la representación legal de Puertos de Colombia;
Ejecutar las decisiones de la Junta Directiva;
Dirigir, coordinar, vigilar y controlar la ejecución de las funciones o programas de Puertos de Colombia;
Subscribir, como representante legal de Puertos de Colombia, los actos o contratos que para los fines anteriores sean menester, observando que cuando la cuantía de estos exceda de doscientos mil pesos ($ 200.000.00) se requiera la aprobación de la Junta Directiva;
Dirigir, coordinar, vigilar y controlar el personal de la organización;
Presentar a la consideración de la Junta Directiva los planes y programas de Puertos de Colombia;
Nombrar, dar posesión, promover y remover, conforme a las disposiciones legales y a las de los presentes Estatutos, el Personal de Puertos de Colombia; h) presentar al Presidente de la República, por conducto del Ministerio de Obras Públicas, y a la Junta Directiva, informes anuales y periódicos, si así se los solicitan, sobre la marcha general de la entidad; i) Presentar a la oficina de Planeación del Ministerio de Obras Públicas, los proyectos de presupuesto y los planes de inversión de Puertos de Colombia por lo menos quince (15) días antes de que la Junta Directiva deba comenzar su estudio, igualmente debe rendir a esa misma oficina los informes que se le soliciten sobre la ejecución de los programas correspondientes; j) Conceder vacaciones, permisos y licencias a los empleados de Puertos de Colombia e imponer las sanciones a que haya lugar conforme al reglamento interno de trabajo; k) Constituir mandatarios que representen a Puertos de Colombia en los asuntos judiciales y extrajudiciales; l) Proveer al recaudo de los ingresos, ordenar los gastos y en general dirigir las operaciones propias de Puertos de Colombia, dentro de las prescripciones de la ley, decretos reglamentarios y disposiciones de la Junta; ll) Velar por la correcta aplicación de los fondos y el debido mantenimiento y utilización de los bienes de Puertos de Colombia; m) Convocar a la Junta Directiva a sesiones extraordinarias cuando lo estime conveniente; n) Tramitar, de conformidad con las disposiciones legales pertinentes, lo relacionado con el otorgamiento de comisiones al Exterior de los empleados de Puertos de Colombia; ñ) Negociar convenciones colectivas y contratos sindicales, con los trabajadores de Puertos de Colombia, de acuerdo con las instrucciones de la Junta Directiva, y someter tales acuerdos a la aprobación de la misma Junta; o) Delegar en los funcionarios de la entidad, el ejercicio de algunas de sus funciones, cuando las necesidades lo exijan y conforme a lo ordenado en los presentes estatutos; p) Tomar las medidas de carácter urgente que sean indispensables para el funcionamiento, mantenimiento y desarrollo de las actividades de Puertos de Colombia, aunque excedan el límite de sus facultades, debiendo someter tales actos a la consideración de la Junta Directiva, en su reunión inmediatamente posterior, quien calificará las decisiones tomadas; q) Reglamentar, en los asuntos que sean de su competencia, la adjudicación de contratos y la adquisición de bienes y servicios; r) Cumplir las demás funciones que la Junta Directiva le asigne y las que por naturaleza de su cargo le correspondan y que no estén atribuidas a otra autoridad; rr) Llevar la representación de las acciones que pueda tener Puertos de Colombia en cualquier sociedad de economía mixta; s) Convocar a las Juntas administradoras locales a sesiones extraordinarias.