La organización, funcionamiento, aplicación, conformación del equipo de trabajo interdisciplinario, condiciones para acceder y la dirección de las Casas de Refugio serán administradas en virtud de lo ordenado por la Ley 1257 de 2008 por el gobierno nacional, el gobierno departamental y los entes Territoriales, quienes deberán dar cumplimiento a los lineamientos generales que dictaminará el Gobierno Nacional a través de la Consejería Presidencial para la Equidad de la Mujer, el Ministerio de Salud y Protección Social y el Ministerio de Justicia y del Derecho, para lo cual estas entidades armonizadas por la Consejería Presidencial para la Equidad de la Mujer deberán expedir la normatividad correspondiente para tal fin en un término de seis meses a partir de la entrada en vigencia de esta ley.
Como mínimo el proceso en las Casas de Refugio está conformado por cuatro etapas: ingreso, permanencia, egreso y seguimiento. Iniciando con la solicitud de una medida de protección o atención, según sea el caso, que realiza la mujer víctima de violencia ante Comisaría de Familia o Juzgado, en concordancia con lo dispuesto por la Ley 1257 de 2008, sigue con la acogida, permanencia y finaliza con un seguimiento que realiza el equipo luego de la salida de 'la Casa Refugio, a la situación de la mujer y a sus avances en los procesos judiciales y psicosociales.
. En casos de grave necesidad o conveniencia y para evitar el agravamiento de cualquier lesión a los derechos de una mujer, sus hijos e hijas y personas dependientes, la dirección de la Casa de Refugio podrá conceder albergue temporal, a la mujer que lo solicite mientras se presenta ante la Comisaría de Familia, o el juzgado respectivo. La mujer solicitante deberá comparecer ante la autoridad correspondiente de forma perentoria so pena de perder el beneficio y la autoridad correspondiente examinará el caso y concederá la medida cuando haya lugar.
. Las entidades territoriales, podrán celebrar contratos con entidades privadas sin ánimo de lucro y de reconocida idoneidad para garantizar la protección y atención integral de las mujeres víctimas de violencia.
Las Casas de Refugio deberán cumplir con los estándares de calidad establecidos por las secretarías de salud territoriales bajo los lineamientos del Ministerio de Salud y Protección Social o quien haga sus veces.