En cada departamento, intendencia, comisaría y Distrito Especial de Bogotá, funcionará un Fondo Educativo Regional, administrado por el jefe de la respectiva entidad territorial y supervisado por un delegado del Ministerio de Educación Nacional.
El Fondo Educativo Regional, manejará separadamente los recursos que la Nación y la entidad territorial respectiva destinen a la educación y los recursos que la Ley 12 de 1986 establece que le deben ser girados.
El Gobernador, Intendente, Comisario o Alcalde Mayor de Bogotá, obrará como ejecutor de las decisiones de la Junta Administradora del FER, y como ordenador del gasto. La facultad de ordenación del gasto podrá ser delegada.
Los recursos de los FER son inembargables. Las condenas judiciales serán imputables a la Nación o a la entidad territorial según la calidad jurídica de las obligaciones.
El Ministro de Educación Nacional podrá suscribir convenios con las entidades territoriales para reorganizar, determinar funciones y asignar recursos humanos, físicos y financieros para el funcionamiento de los FER, de acuerdo con las características de cada una.
Corresponde al Ministro de Educación Nacional el nombramiento y remoción del Delegado del Ministerio de Educación Nacional ante los Fondos Educativos Regionales y al Gobierno Nacional la asignación de funciones.