La Junta Directiva de cada zona franca estará conformada por:
El Ministro de Desarrollo Económico, o su delegado quien la presidirá.
El Gobernador o el Alcalde Mayor del Distrito Especial de Bogotá, o el Intendente, o el Comisario o sus delegados, según la jurisdicción donde funcione la zona franca.
El Ministro de Hacienda y Crédito Público, o su delegado;
El Director del Instituto Colombiano de Comercio Exterior -Incomex- o su delegado.
Un representante de las asociaciones gremiales que desarrollen actividades en el departamento, Distrito Especial de Bogotá, intendencia o comisaría donde opere cada zona franca nombrado por el Ministro de Desarrollo Económico de ternas presentadas por estas asociaciones;
Dos representantes de los usuarios de la respectiva zona franca con sus respectivos suplentes.