Una vez declarada una Zona de Frontera se creará una comisión regional encargada de velar por la dirección, control y seguimiento de los programas específicos establecidos para el desarrollo de la zona. La Comisión Regional estará integrada por: El Gobernador del Departamento, quien la presidirá. El Alcalde de la Capital del Departamento. Dos representantes de la Cámara Comercio. Un representante de la Asamblea Departamental. Un representante de los gremios existentes en la zona, designado por el Gobernador. Un representante de la Corporación Regional de Desarrollo, y Un representante de la correspondiente Comisión Nacional de Integración Fronteriza, donde ella exista.
La Comisión Regional podrá proponer y/o adelantar temas de estudio para la creación de una Zona de Integración Fronteriza. En tal sentido, la Comisión mantendrá permanente comunicación con el Gobierno Nacional y con las correspondientes Comisiones Nacionales de Integración Fronteriza cuando ellas están establecidas.