Las funciones de dirección y administración del FONAM estarán a cargo del Ministro del Medio Ambiente, quien podrá delegarlas en el Viceministro. El Consejo de Gabinete, hará las veces de organismo decisorio en materia de dirección y administración del Fondo en él se tomarán las decisiones pertinentes, conforme al estatuto reglamentario que al efecto expida el Gobierno Nacional.
Como principal criterio para la financiación de proyectos a nivel regional con recursos del FONAM, el Consejo de Gabinete deberá tener en cuenta el ingreso per cápita de las poblaciones beneficiarias de manera que las zonas más pobres sean prioritariamente beneficiadas.
El Ministro del Medio Ambiente será el representante legal del FONAM y el ordenador del gasto.