Con el propósito de contribuir a la orientación estratégica del gasto, aumentar la eficiencia de la inversión pública y consolidar los resultados de desarrollo social, económico y ambiental de las inversiones financiadas con recursos del Sistema General de Regalías, la Comisión Rectora, a propuesta del Departamento Nacional de Planeación, definirá líneas programáticas indicativas que se articulen con los objetivos del Sistema General de Regalías y los planes de desarrollo de las entidades territoriales.
Los Órganos Colegiados de Administración y Decisión adoptarán las líneas programáticas para cada región. Los proyectos de inversión que se financien con los recursos de los Fondos de Desarrollo Regional, del 60% de Compensación Regional y de Ciencia, Tecnología e Innovación, deberán estar asociados con estas líneas programáticas.