El funcionamiento de la JEP dará énfasis a las necesidades de las víctimas mujeres, niñas y niños, quienes sufren de una manera desproporcionada y diferenciada los efectos de las graves infracciones y violaciones cometidas con ocasión del conflicto. Las reparaciones en el SIVJRNR deben responder al llamado de las Naciones Unidas en cuanto a que todo acuerdo de paz debe adoptar un enfoque de género, reconociendo las medidas de reparación y restauración, el sufrimiento especial de las mujeres, y la importancia de su participación activa y equitativa en la JEP.
Las actuaciones de la JEP en lo que tiene que ver con los pueblos y comunidades indígenas, negras, afrocolombianas, raizales, palanqueras y Rrom y sus miembros individualmente considerados, tendrán un enfoque étnico, lo cual implica identificar el impacto diferenciado del conflicto armado sobre estos pueblos y comunidades étnicas y el ejercicio de sus derechos fundamentales y colectivos, de conformidad con la jurisprudencia constitucional, el Convenio 169 de la OIT, el Convenio Internacional para la Eliminación de Todas las Formas de Discriminación Racial, y demás normatividad aplicable.