Son funciones de la Junta Directiva de Colciencias
Formular la política general del Instituto.
Recomendar a los organismos decisorios pertinentes las políticas, planes y programas nacionales de ciencia y tecnología.
Adoptar y modificar, con la aprobación del Gobierno Nacional, la estructura interna, planta global de personal y estatutos de la entidad.
Presentar a consideración del Gobierno Nacional el proyecto anual de presupuesto del Instituto.
Aprobar la financiación y el apoyo a programas y proyectos de investigación y demás actividades de ciencia y tecnología que sean de su competencia.
Expedir todos los actos administrativos de carácter general o particular para el ejercicio de las funciones que le competen conforme a la ley o a los estatutos.
Disponer la forma y modalidades como continuarán desarrollándose y funcionando los proyectos de que tratan los Decretos 2733 de 1973, 1444 de 1974, 924 de 1985, 415 y 416 de 1983, 267 de 1984, 1096 de 1988 y 578 de 1990.
Autorizar a Colciencias, previo concepto del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, para crear o participar en sociedades civiles y comerciales y personas jurídicas sin ánimo de lucro con personas públicas o privadas.
Darse su propio reglamento.
Las demás que asigne la ley a las Juntas Directivas de los establecimientos públicos.