El Instituto estará dirigido por una Junta Directiva integrada por seis miembros, con sus respectivos suplentes así: el Gobernador del Departamento de Nariño, o su delegado; el Comisario del Putumayo o su delegado; un principal y un suplente nombrados por el Ministro de Agricultura; un principal y un suplente elegido por las directivas de las siguientes entidades: Instituto Colombiano de la Reforma Agraria, Caja de Crédito Agrario e Instituto Tecnológico de la Universidad de Nariño.
Parágrafo
La composición política de la Junta ser paritaria mientras este sistema tenga vigencia constitucional.
El Gobierno reglamentará la elección de la Junta Directiva.