Las entidades territoriales conjuntamente con las corporaciones autónomas regionales deberán presentar los proyectos ambientales para su aprobación ante la Comisión Nacional de Regalías, la cual deberá tener en cuenta los siguientes porcentajes y criterios para su distribución
No menos del quince por ciento (15%) de los recursos destinados a la preservación del medio ambiente debe canalizarse hacia la financiación de proyectos de saneamiento ambiental en la Amazonia, Chocó y el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina y de proyectos de saneamiento ambiental y de desarrollo sustentable de tierras de resguardos indígenas ubicados en zonas de especial significación ambiental;
No menos del veinte por ciento (20%) debe destinarse a la recuperación y conservación de las cuencas hidrográficas en todo el país;
No menos del veintiuno por ciento (21%) se destinará a financiar programas y proyectos para la descontaminación del Río Bogotá;
No menos del cuatro por ciento (4%) se transferirá a las corporaciones autónomas regionales que tengan jurisdicción en el Macizo Colombiano para preservación, reconstrucción y protección ambiental de sus recursos naturales renovables;
El excedente hasta completar el ciento por ciento (100%) se asignará a la financiación de proyectos ambientales que adelanten las corporaciones autónomas regionales en las entidades territoriales y serán distribuidos de la siguiente manera: no menos del cuarenta y cinco por ciento (45%) de estos recursos para los proyectos presentados por los municipios de la jurisdicción de las quince (15) corporaciones autónomas regionales de menores ingresos fiscales en la vigencia presupuestal anterior, no menos del veinticinco por ciento (25%) para los proyectos presentados por los municipios de las corporaciones autónomas regionales con regímenes especiales, y el excedente hasta completar el cien por ciento (100%), para los proyectos ambientales de municipios pertenecientes a las corporaciones autónomas regionales distintas de las anteriores.