Todas las actuaciones en la JEP, de conformidad con las reglas aplicables a la Jurisdicción Especial para la Paz, respetarán los derechos, principios y garantías fundamentales del debido proceso, defensa, asistencia de abogado, presunción de inocencia, a presentar pruebas, a controvertir ante el tribunal para la paz las que se alleguen en su contra; a impugnar la sentencia condenatoria, a no ser juzgado dos veces por el mismo hecho y a la independencia e imparcialidad de los magistrados de las Salas y Secciones, así como de los integrantes de la Unidad de Investigación y Acusación.
La Jurisdicción Especial para la Paz aplicará el principio de favorabilidad en todas sus actuaciones, en especial respecto al tratamiento a recibir por cualquier persona sometida a esta jurisdicción.
Todas las decisiones judiciales sobre las responsabilidades y sanciones de personas serán debidamente motivadas y fundamentadas en pruebas lícitas, legalmente aportadas al proceso, regulares y oportunamente allegadas y admisibles ante tribunales de justicia.
Cuando un testigo declare contra alguna persona por conductas de competencia de la Jurisdicción Especial para la Paz a cambio de obtener beneficios procesales o punitivos de cualquier naturaleza, el valor probatorio de su testimonio estará supeditado a que el contenido del mismo sea corroborado por otros medios de prueba. Las resoluciones y sentencias de las salas y secciones pueden ser recurridas en reposición o apelación.