La Junta Directiva del Instituto estará integrada por los siguientes miembros: el Ministro de Obras Públicas, quien lo Presidirá, el Ministro de Comunicaciones, o su delegado, el Jefe del Departamento Nacional de Planeación o su delegado, el Gerente de los Ferrocarriles Nacionales, el Presidente de la Corporación Financiera del Transporte y un delegado del Presidente de la República, de su libre nombramiento y remoción.
La Junta Directiva tendrá como sede la ciudad de Bogotá, pero podrá sesionar extraordinariamente en cualquiera otra parte cuando la misma Junta lo determine.
El Director del Instituto Nacional del Transporte tiene voz Pero no voto en las reuniones de la Junta.