El Sistema contará con dos instancias en el orden nacional: El Comité Ejecutivo para la Atención y Reparación a las Víctimas el cual diseñará y adoptará la política pública en materia de atención, asistencia y reparación a víctimas en coordinación con el organismo a que se refiere el artículo siguiente y una Unidad Administrativa Especial para la Atención y Reparación Integral a las Víctimas que coordinará la ejecución de esta política pública.
En el orden territorial el Sistema contará con los Comités Territoriales de Justicia Transicional, creados por los gobernadores y alcaldes distritales y municipales.