Los manglares en Colombia deben ser objeto de estudios constantes que contemplen su caracterización, diagnóstico y zonificación y posterior formulación de lineamientos para su manejo.
El resultado de estas labores se definirá en el marco de las siguientes categorías de zonificación, así:
Zona de preservación: corresponde a aquellas áreas de manglar que, por su composición, estructura y función, mantienen unos bajos estados de alteración, alta productividad biótica, ubicación estratégica y unos servicios ecosistémicos relevantes e insustituibles, y deberán ser manejadas para evitar su alteración, degradación y/o pérdida por acciones humanas directas o indirectas, de tal manera que se mantenganíntegras ecológicamente y permitan la expresión de los procesos naturales en las condiciones más primitivas posibles.
Zona de uso sostenible: corresponde a aquellas áreas de manglar que por su estado de conservación, apropiada oferta de recursos forestales, fáunicos (terrestres y acuáticos), y demanda por parte de comunidades que tradicionalmente han dependido de estos, deberán ser manejados al amparo del uso sostenible, conciliando el mantenimiento de la función ecológica, la capacidad productiva y los servicios ecosistémicos que brinda el manglar con la posibilidad de dar solución a las necesidades de las comunidades directamente relacionados con este sistema socioecológico.
Zona de restauración: corresponde a aquellas áreas de manglar que por: su composición, estructura y función mantienen unos altos niveles de alteración, presencia de tensionantes e interrupción de servicios y/o funciones ecosistémicas, y que deberán ser manejadas a través de intervenciones de restauración, rehabilitación o recuperación ecológica. Las zonas de restauración son transitorias, una vez alcancen el estado de conservación deseado (definido como el ecosistema de referencia) se asignarán a la categoría que corresponda (con base por ejemplo en los servicios ecosistémicos que se pretenden recuperar).
El proceso de ordenamiento del ecosistema de manglar deberá contar con la participación y concertación de las comunidades locales campesinas, indígenas, raizales y negras para la zonificación de áreas de preservación, uso sostenible y restauración.