Corresponde a la Junta Administradora del Fondo Educativo Regional la facultad de seleccionar el personal subalterno del Centro Experimental Piloto, que será nombrado por el Jefe de la Entidad Territorial en su calidad de Presidente de la Junta Administradora del FER, mediante acto administrativo que deberá ser refrendado por el Delegado Permanente del Ministerio de Educación Nacional ante el respectivo FER.
El Director del Centro Experimental Piloto será el Jefe inmediato, para todos los efectos, de los funcionarios del Centro Experimental Piloto.